長くなるのでスレッド分けました。

はじめはN下駄を疑ったけど、K6-3だけでも起こったのでどうやら位相設定などは関係がないようです。
さらにCPUをPentium133やMMX233などに交換すると起こりません。
電源交換、HDD交換、不要な機器を取り外しSCSIBIOSおよびDriver、GAドライバーの変更
などいろいろと試してみました。
その結果、どうやら問題がありそうなのはK6-3のライトアロケートだったようです。
これらの症状はライトアロケートOFFの時に起こるようです。ONだと大丈夫です。
いつも、マシンを構築をするとき、一番安定するもしくは互換性のある保守的な設定から徐々にパフォーマンスの上がる
設定にしているので、キャッシュやメモリーの設定を意図的にしていなかったのが原因でした。

一応安定して動かす方法はわかったのですが、個人的に保守的な設定で安定しないのは
納得できません。そこで、確実に原因を突き止めようと思い皆さんに協力していただければ
と思いました。WINDOWSが原因なのかSCSIが原因なのかCPUが原因なのかそれ以外なのか。
そこで、似たような環境のかたでCPUやSCSIなどの構成を変えて実験できる方がいらしたら
報告お願いします。

結果がわかり次第下記のメーカーに報告してみようと思います。
・Microsoft
・IO-DATA
・MELCO
・NEC
・AMD　　など。
たとえ時代を終えた９８でも末永く使えるように不都合つぶしには貢献したいですね。

GA-VDB16/PCI をご使用との事ですが、ビットマップキャッシュは切っていますか？
☆標準設定はオンですけど、オンのままですとブラウズ中にハングするページが有ったりします。

こちらでは、ライトアロケート有効/無効両方でトラブルが出たことはないのですが。
PC-9821Xv13/W16(K6-III 450MHz+MVR-MX2改で400Mhz駆動）
グラフィック ：GA-S2K32/PCI(Ver1.03）

報告を見る限り、ストレージアクセス時にハングアップしてることが多いようですが、
SCSIのターミネータ及びケーブル長とケーブルは変えてみましたか？68Pin→50Pin変換かけてるものとかありませんか？
ところで、メモリ及びセカンドキャッシュの構成は書かれていないのですが、その辺りは確認されましたか？最小メモリ構成にしてもだめでしょうか？
あと、IEのバージョンはいくつのものを使われてますか？Windows95(初期＆OSR1）ではKernel3アップデートを行ってからIEを入れるとハングアップが多発する現象がありますが
その辺りは大丈夫でしょうか。

サードパーティに結果を報告するのはかまわないと思いますけど、NECには報告しても無駄だと思いますが。なぜならば、MVR-MX2で直載せしているという時点で立派な「改造」ですし、MVR-MX2がもともとPC-98を対象とした製品ではないからです。この辺りは自己責任でお願いします。

私もメモリの容量が気になります。
当方、Ｘａ１６／Ｗ１６を購入時に、少し大きめのソフとを動かすと保護エラーや、
フリーズが時たま起きました。
それにメモリの搭載容量が少ないと、ハードディスクへ頻繁にアクセスします。
これにより、パフォーマンスが低下するコトも有ります。

あと、エクセリアさんも言われて居るように、ＮＥＣ指定の純正部品を
組み込んで居るのならですが、すでに他のパーツに換えられているようですので、
ＮＥＣへの報告は如何なものでしょうか。。。

アドバイスありがとうございます。

＞いーとんさん＆ZADさん
ビットマップキャッシュは通常使用で画像化けが起こるため切ってあります。

＞エクセリアさん
私もはじめそれを疑い、ケーブルを変えてたり、HDDを最小構成したり
ターミネーターを確認してみました。
メモリーは９６Mでセカンドキャッシュは取ってあります。
WIN98＆95ともにほぼクリーンインストール状態で特別なアップデートはしてません。
ともにIEは４を入れてます。

上記の再現方法の追加情報として、起動後一度ライトアロケートをONにすると
後でOFFにしても、なかなか起こりにくくなります。
再現性を高くする方法として、起動時一度もライトアロケートをONにしないで行う。
システムモニターとスキャンディスク実行しながらデフラグのドライブ設定をいじくりまわ
すのは、何度も根気よくやる必要があります。
（何時間もかかりません５分もいじくってれば起こります）

確かにNECへの報告はあまり意味がないかもしれませんね。
まだ原因も完全に特定できていなのでNECにはまったく問題ないかも知れません。
しかし、以前サードパーティーとの提携でサードーパーティー製のCPUやメモリーなどのを
取りつけた状態での動作保証やメーカー同士の情報やり取りを行うといったことを聞いたこともあります。
MVR-MX2の使用は確かに改造にあたりますが、CPUアクセラレータ使用での動作報告は
意味があると思います。
運良くNECやサードパーティーのサポート情報に加わるだけでも意味があると思います。
さらに、同じ報告を「これらのメーカーにも送りました」と書いて送ることによって
不都合への対処が少しでもよくなる可能性もある。と考えたからです。
NEC含む各メーカーにメールを送るかどうかはもう一度しっかり考えた上で行おうと思います。

これから実験してみようと思っているのはDOS/V、ATAPIで同じようなことが起こるかどうか。
もし、DOS/Vでも起こればWINDOWSもしくはCPU側の問題の可能性もあります。
もしATAPIで起これなければSCSI関連の可能性が高くなりますし。

さらにPC-98のほうもGAやケーブルの見なおしなどもやってみたいと思います。
そして、結果がわかればまた報告したいと思います。
皆さんも少しでも気になることがありましたら、報告してくださると助かります。
それではよろしくお願いします。

フリーズの原因は様々ありますが比較的多い熱暴走の可能性は無いのでしょうか？
CPUやメモリ関連(場合によってはM/Bのチップも・・・・Xv/WなどのオンボードLANもなにかとありますし)やHDDが高温になると不安定になったりします。
あと、CPUクーラーのノイズなどでストレージ系にデータ化けが起こったり、増設していて電源の容量が不足気味になるとこれも不安定になったりします。
電源の件は機器を外しておられるようですが、K6系でも2ndキャッシュが搭載されて消費電力が大きいK6-III系なのでその関連が不足する事も稀に有るようですからクロックを落とす(これは発熱の確認にもなります)とか別途K6-2などで確認すると原因の切り分けが出来ると思います。

#ここに報告されている方達の中にはそのような症状もなく安定しているケースもあり
#個体差もありますからメーカーへの報告はもう少し検証をしてからのほうが良いかも
#しれませんね。
#検証結果によっては全てのメーカーへではなく１つのメーカーのサポートを受けるだけ
#で済むかもしれませんし、、

えっとはずしているかも知れませんがK6-IIIを使用している際にFreeBSDでよくフリーズする事があったのですがカーネルの再構築の際にライトアロケートを有効にすると安定しました。
EDO ECCのメモリのみで起動使用すると割と安定します。最近話題のPK98-FDをのメモリを有効にすると5分も持ちません。週末にでも機器構成を換えて検証してみます。
PC:PC-9821Xa16/W30
CPU:K6-III 550E+ + N3orN2(400Mhz)
MEMORY:EDO-ECC 32M + FP 128M(PK98-FD)

非常に返答が遅くなって申し訳ありませんでした。

＞ＫＯ１さん
熱暴走の可能性も疑い、ＯＣなMS600Pをクロックダウンして４００ＭＨｚで動作させたり
ノーマルなＫ６−３への乗せ変えを行ったりしました。
心配なので、強力なファンと温度計を使用した感じで熱暴走ではなさそうです。
以前私も熱暴走はファンをはずしたりして体験しているのですが、それとは
ハングアップする状況が違うようです。
熱暴走の場合、一般的に負荷の多い処理（ＯＳの起動時や重たいアプリなどのとき）に落ちます。
しかし、今回はそういった状況ではなく、負荷が低くてもディスクアクセスでいきなり落ちます。
ディスクアクセスは一見、負荷率は高いようですが、実際は占有時間が長いだけで実際は
あまり高い負荷はかかっていないと思っています。
別にＡＴ電源を使い、ストレージ機器など、なるべく分散させ電源負荷のかからない状態
もやってみましたが、やはり駄目なようです。
これが、いったんライトアロケートを入れるととたんに安定するから不思議です。

＞TKV13さん
いえいえ、意外とあたってるかもしれません。
ＯＳをＷＩＮ９８と９５で試して両方で起こっているし、FreeBSDでも起こるようですと
どうもＯＳではなく別のことが原因かもしれませんえね。
個人的にストレージ機器とライトアロケートが絡んでいると思っています。
もちろんメモリーはＥＤＯ ＥＣＣのみです。
検証お手伝いいただけると本当に助かります。
ちなみにＳＣＳＩボードや機器は何を使われてますか？

協力して下さった皆さん本当にありがとうございます。
原因が判明して今後同じような症状で困った人に役立てればと思います。
まだいろいろと調べてみます。些細な情報でもお願いします。