新しい HDD に Win98SE をインストールする前に古い HDD を外してしまいましょう。
インストール完了後に古い HDD をスリープにするとドライブレターがずれてしまい起動できなくなります。

内蔵 IDE インターフェイスに（ハードディスクが接続されていない状態で）CD-ROM 系ドライブのみが接続されていると、不具合が発生することがある…らしいです。

UIDE-66 のマニュアルに書かれていたことで、何でそうなるのかは能く知らないのですが…。

セットアップメニューで内蔵ＨＤを切り離したらどうなるでしょうか？
だめですかね？　いーとん さん　が言われている理由なら無理でしょうけど

＞ひょっとして新しいHDへのインストールの作業中に、
＞古いHDを付けっぱなしでやっていたのでそのせいでしょうか？
いーとんさんが書かれているように、ドライブレターがずれた可能性が高いです。PC-98シリーズでは、特に何もしない限りはマザーボードのIDE→SCSIの順でドライブレターが割り振られます。例えば内蔵のIDEにHDDを1台繋ぎ、それがAドライブだったとすると、そのままSCSI HDDを接続してフォーマットを行うとBドライブ以降の領域が割り振られます（AEC-7720UW＋IDE HDDも当然扱いはSCSIになりますので、ドライブレターは後になります）。ですからこの状態でSCSI HDDにWindows98をインストールするとBドライブから起動する設定でインストールされます。この後マザーボードのIDEに接続したHDDを取り外したり、或いはFDISKでパーティションをスリープにするなどした場合、元のAドライブがソフト的に見えなくなるため、当然SCSI HDDがBドライブからAドライブになってしまいます。SCSI HDDにインストールされたWindowsはBドライブから起動するようになっているため、ドライブレターがずれてAドライブになってしまうと起動しなくなってしまうのです。

解決策はこれもいーとんさんが書かれていますが、マザーボードのIDEに接続したHDDを取り外し、SCSI HDDのみの状態でWindowsを再度インストールすることです。

現在B:の SCSIドライブに、Windowsを入れたということのようですね。
DRVASN98 を適用して、
フロッピードライブをA:
SCSI ハードディスク B:
内蔵IDEハードディスク　C:など以降
にするというのもありかも。

ドライブレターずれの可能性大だとは思いますが、とりさんのおっしゃってることの可能性も充分にありえます。出荷時搭載のＣＤ−ＲＯＭでは多分ないと思いますが、入れ替えをしている場合、メーカーによっては、標準ＩＤＥのプライマリ・マスタにＨＤが存在しないと、ＣＤ−ＲＯＭが使えなかったり、ＭＳ−ＤＯＳ互換モードになったり、起動中に止まることがありますので。（ただ、ＰＣ−９８に接続する時はこうなってしまうドライブでもＡＴ互換機だと大丈夫なことも・・・）特に東芝製ドライブは要注意のようです。
ただ下のスレッドを読む限りでは（できれば新規スレッドを立てるときはもう一度環境を書いてくださいね）、ＳＣＳＩのＣＤ−Ｒ／ＲＷがあることはわかるのですが、それが外付けなのか内蔵なのかがわかりません。標準内蔵のＡＴＡＰＩ　ＣＤ−ＲＯＭをＳＣＳＩのＣＤ−Ｒに入れ替えている場合は前述の原因はあてはまりません。

いーとん さん、とり さん、ＭＳＲ さん、デンドロビウム さん、まりも さん、こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳ さん、
ご意見ありがとうございました。

お返事がおくれまして申し訳有りません。
うちにあるパソコンがV20のみなので、昨日は書き込みができませんでした・・・

こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳ さん
＞できれば新規スレッドを立てるときはもう一度環境を書いてくださいね

もうしわけありませんでした。
さっそく、今の環境を書き出してみました。（ HDBENCHの結果を参考にしました。）

★ ★ ★ HDBENCH Ver 3.30 (C)EP82改/かず ★ ★ ★
M/B Name PC-9821V20S5C3
Processor AMD K6-III 464.73MHz[AuthenticAMD family 5 model 9 step 1]
Cache L1_Data:[32K] L1_Instruction:[32K] L2:[256K]
Name String AMD-K6(tm) 3D+ Processor
VideoCard WGP-FX16N (3Dfx)
Resolution 1024x768 (16Bit color)
Memory 96,648 KByte
OS Windows 98 4.10 (Build: 2222) A
Date 2001/05/08 17:27

SCSI = I-O DATA SC-UPCIシリーズ
HDC = 標準 IDE ハード ディスク コントローラ

A = IBM-DTLA -307030 Rev TX4O
B = MELCO DSC-UGTV 1 Rev 2.03
C = MELCO DSC-UGTV 2 Rev 2.03
D = GENERIC NEC FLOPPY DISK
E = Virtual CD-ROM Drive
Q = TOSHIBA CD-ROM XM-6402B Rev 1015
R = YAMAHA CRW6416S Rev 1.0d

・Q:のCD-ROMドライブは内蔵IDE接続でI-O DETAのCDV-AB32です。
・PCIスロットにはSC-UWPCIとWGP-FX16Nにて使用済みです。
・Cバスには最初から付いていたモデムをIF-SEGA98にて使用済みです。
・SCSIはSC-UWPCIでそれには外付けHDD MELCO DSC-UGTV(40G)を20Gに区切って使用しています。(ID 1,2使用)　　　　　　　　　 その後に YAMAHA CRW6416S(ID 3 使用　外付けです)を接続しています。
・この作業中には外付けSCSI機器は外しています。

あと、Windows98SEはアップグレード版です。
起動ディスクは作成して、CD-ROMドライバはCDV-AB32に入っていたものを使用しています。
内蔵IDE HDDもこれらを使用してWindowswを（クリーン）インストールしました。

それで、昨日色々試してみました。
・内蔵IDE HDDを外してから起動ディスクを使用して新規インストールを試みましたが、
　CD-ROMドライバがうんぬんってところで止まってしまい、できませんでした。
・次に内蔵IDE HDD(BOOT不可・スリープ状態)を接続してSCSI HDDから起動して、
　config.sysでCD-ROMドライバのところCDV-AB32のドライバからneccdm.sys（ちょっとうる覚えです・・・）に
　書き換えてWindowsを終了をしました。
　そして内蔵IDE HDDをはずして起動すると何事もなくWindowsが起動しましたが、CD-ROMが見えなくなりました。
　また、ディバイスの競合(WGP-FX16Nと標準IDE HDコントローラ（？）)が起こってしまいましたが、
　これはWGP-FX16Nを抜きさししてドライバの再インストールで解決しました。
　そして、ここでCDV-AB32に付いていた付属のディスクでCONFIG.SYSとAUTOEXEC.BATを書き換えるインストーラで書き換えをして再起動しましたが、やっぱりCD-ROMドライバがうんぬんってところで止まってしまいます。

その後も似たようなこと（内蔵IDE HDDを外して内蔵IDE接続のCD-ROMドライブを使えるように）を色々やってみましたが、結局できませんでした。

とり さん、こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳ さん、がご指摘のように、もしかしたら内蔵IDE HDDを外してしまうと内蔵IDE接続のCD-ROMドライブは使えなくなってしまうのではないかなと思ったりしました。

あと、ドライブレターのことですが、SCSI HDDにWindowsをインストール後に
一応SCSI HDDのWindowsに対してまりもさんの作られた（まりもさん、ありがとうございます。）DRVASN98で
IDE→SCSI→FDDになってたのをSCSI→IDE→FDDに変更してみました。

それと、説明が足らなかったかもしれないのでSCSI HDDへのWindowsのインストールした方法を書きますと・・・
・起動ディスクのFDISKにてMS-DOS領域を確保してフォーマット(/Sを付けて)しました。
・そして内蔵HDDからWindows起動し、起動ディスクからCD-ROMを使用可能にするためにCONFIG.SYSとAUTOEXEC.BATをSCSI HDDにコピーしてから、Windows終了。
・起動ディスクのFDISKにて内蔵IDE HDDをBOOT不可・スリープ状態にしてからFDDを抜いてSCSI HDDから起動し、
SCSI HDDに入れたCD-ROMドライバによりCD-ROMが使えるようになったので、Windows98SEのCD-ROMのWIN98N内のSetupを起動しWindowsをインストールしました。
その後は、内蔵IDE HDDはBOOT不可・スリープ状態です。

以上なのですが、もしまたこれを見て何かありましたらご意見いただけたらと思います。
長々とした文章ですいませんでした。

ざっとインストール手順を見てみたところ

＞その後は、内蔵IDE HDDはBOOT不可・スリープ状態です。

ここが引っかかります。Windowsインストール後にこれをやってしまったためドライブレターがずれて起動しなくなってしまうのでしょう。やるならばWindowsをインストールする前にやっておくべきです。とりあえずこうしてはどうでしょうか？？

・起動FDのFDISKでSCSI HDDに起動用パーティションを切る
・IDE HDDからWindowsを起動し、CONFIG.SYSとAUTOEXEC.BAT、CD-ROMドライバとMSCDEX.EXEをコピー（当然CONFIG.SYSとAUTOEXEC.BATの中身は環境に応じて編集しておきます）
・シャットダウンしてIDE HDDを取り外す（またはスリープにする）
・SCSI HDDから起動してCD-ROMのSETUP.EXEを起動してWindowsをインストール

多分これでOKのはずです。

あぁっ、ズバリＣＤＶ−ＡＢ３２は「プイマリ・マスタのＨＤを外すと使えない」ＣＤ−ＲＯＭですね。当時のカタログにも外箱にも書いていなくて、中のマニュアルに小さく記述があっただけなので僕も買ったものの一度も使えず知人に格安で譲りました。それ以来リテールのＣＤ−ＲＯＭで使用ドライブのメーカーの表記が無いものは避けています。ＣＤＶ−ＡＢ３２はＸｖ２０、Ｘａ１３、ＢＸ３で試しましたが（いずれもＨＤはＳＣＳＩ）全て玉砕しています。

追記：ＣＤＶ−ＡＢ３２をプライマリ・マスタのＨＤ無しで強引に使う場合はＣＯＮＦＩＧに専用ドライバ、ＡＵＴＯＥＸＥＣにＭＳＣＤＥＸで生ＤＯＳでは使用できたと思います。（当然Ｗｉｎ９ｘでは「ＭＳ−ＤＯＳ互換モード」）そうしないと起動途中に停止します。

ＣＤＶ−ＡＢ３２ですけど、プイマリ・マスタのＨＤＤを外しても使えてましたよ。
当時、本体のインターフェースにはＣＤＶ−ＡＢ３２のみで、ＨＤＤはＵＩＤＥ−９８に接続してました。ＯＳはＷｉｎ９５の無印で機種はＸａ１３/Ｋです。
ちなみにうちのＣＤＶ−ＡＢ３２はTOSHIBA CD-ROM XM-6202B Rev 1110です。

↑ウーン、環境によっては使えるのか、UIDE経由でもIDE HDがあればOKなのか、よくわからないドライブのようですね。TOSHIBA CD-ROM XM-6202B これはウチのCDV-AB32もそうでしたから。前述のとおり、ウチで試したのはいずれもHDはSCSI接続です。

デンドロビウム さん、こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳ さん、貴智 さん、ご意見ありがと
うございました。

昨日は、デンドロビウム さんに詳しいインストールの方法を書き込み頂けたので、
そのやり方で再度、インストールをやり直してみました。

ですが、どうしても
＞SCSI HDDから起動してCD-ROMのSETUP.EXEを起動してWindowsをインストール
のところの、SCSI HDDからの起動が
＞シャットダウンしてIDE HDDを取り外す（またはスリープにする）
の部分でIDE HDDを取り外すとやっぱり同じようにCD-ROMドライバがうんぬんと出た所
で、
止まってしまいました。
なので、IDE HDDを取り付けてからFDDで起動してFDISKにてIDE HDDをBOOT不可・スリー
プにし、
再度SCSI HDDから起動したところ、すんなり起動しました。
なので、とりあえずSCSI HDDにWindowsをインストールしておきました。

こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳ さん
＞ズバリＣＤＶ−ＡＢ３２は「プライマリ・マスタのＨＤを外すと使えない」ＣＤ−
ＲＯＭですね。
うっ、そ、そうですか・・・
私的には良いドライブだな〜と思っていたのですが（クローンCDの対応ドライブと
か・・・）、まさかそんな裏があるとは知りませんでした。
当時、標準装備のCD-ROMドライブが壊れてしまってパソコンのカバーを初めて開けて
近くの店で買ってきたバルク品のCD-ROMドライブ取り付けたところ使えず、
店員に聞いたら「PC-98ならI-O かメルコのPC-98対応と書いてあるドライブじゃないと
ね〜」
と言われてしまいました。
そこで出会ったのがこのドライブでして、ちょっと思いで深いものでした。

それと、
＞特に東芝製ドライブは要注意のようです。
と書かれてますが、どこのメーカーだったら比較的安全とかってありますか？

貴智 さん
＞ＣＤＶ−ＡＢ３２ですけど、プライマリ・マスタのＨＤＤを外しても使えてました
よ。
う〜ん、そうですか・・・
型番がちょっと違うみたいですから、当たり・はずれみたいなものがあるんでしょうか
ね？
それとも、ＵＩＤＥ−９８接続だからかな

プライマリＨＤ無しで当方で動作確認しているドライブは、Ｘｖ２０純正の松下寿製８ｘＣＤ−ＲＯＭ、バルク（ＡＯｐｅｎの４８ｘ（E-IDE CD-ROM 48X/TKU Rev T42）、ＣＹＢＥＲの４４ｘ（デバイスマネージャの表記は単にATAPI　CD-ROMです））、ＴＥＡＣ　ＣＤ−５６Ｅ（６ｘ）などです。特に上記バルク品ならどちらも実売３〜４千円でお手軽ですが、この機会にＤＶＤにするとか（ＣＤ−Ｒはお持ちのようなので）、ＳＣＳＩにするとか。

こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳ さん、またまたありがとうございました。
＞ バルク品ならどちらも実売３〜４千円でお手軽ですが、この機会にＤＶＤにするとか、ＳＣＳＩにするとか。
う〜ん、IDEのDVD-ROMドライブってのも考えてはいるのですが、
DVDを付けたらDVDソフトを再生したくなると思うのですよ・・・
でも、今のうちの環境じゃ無理っぽいので踏み切れないでいます。
SCSIのDVD-ROMドライブなら、環境的に良さそうですがお値段が高そうです・・・
あ、でもSCSI CD-ROMなら安いのかな？

SCSICDROMならバルク品からでも良ければ６０００〜秋葉原等に有ると思います。メーカー的にはTEACやパイオニアの物なら比較的に安く購入できると思います。
又、秋葉原等を時折プレクスターの40倍SCSICDROMが9980円前後で新品同様で出回ったりするので此が有れば此方の方がよいです。IOもOEMで使用していたのでIOのパッケージであった場合はIOの物でも良いと思います。
因みにIOの物は私も使用しています。