はじめまして，ＭＡ係長さん。

私の記憶に間違いがなければ，内蔵ハードディスクは５５互換ボードに繋がっているもの
だったと思います。５５ボードは，NECチェックをするので，NEC以外の機器は繋がらない
ようになっています。サードパーティ製のハードディスクなどの中には，NECチェックを
ごまかすために，NEC製のようにみせるものがありました。
また，NEC製のものでも，大容量のものは使えないかもしれません。

ＤＡの場合、まず最初に内蔵されているＨＤＤがＳＡＳＩなのかＳＣＳＩなのかを調べてください。
１００Ｍなので、多分ＳＣＳＩではないかと思いますが…
もし、ＳＡＳＩのＨＤＤでしたら、ＨＤＤの後ろのコネクターにはＳＣＳＩのＨＤＤは接続できません。
ＳＡＳＩのＨＤＤだけが接続できる事になります。
もしＳＣＳＩだったら、ＨＤＤの後ろのコネクターにはＳＣＳＩのＨＤＤが接続できます。
ただ、内蔵ＨＤＤのＳＣＳＩインターフェースは設計が古いですから、ＮＥＣチェックの他にも、ＨＤＤの容量制限があるかもしれません。
なお、ＳＡＳＩのＨＤＤの場合には、原理的には内蔵ＨＤＤを外さなくてもＳＣＳＩインターフェースボードをＣバスに取りつける事はできるはずなのですが、実際にはいろいろとトラブルが出るようなので、内蔵ＨＤＤを外してＳＣＳＩボードを取りつける事をおすすめします。
内蔵ＨＤＤがＳＣＳＩでしたら、当然ですが内蔵ＨＤＤを外さないと、ＳＣＳＩボードを取りつける事は不可能です。

　ちょっと違うかもしれませんが、私が大昔にPC-9801RAにTEXA製の内蔵型180MBのSCSI-HDD(55L相当のSCSI-BIOS付)を接続していたときにCバス用SCSI-2(これまたTEXAのSplice540に付属していたやつで名前忘れましたけど)に接続して使っていました。
　具体的にどうしたかというと、内蔵の方のSCSI-BIOSは殺してI/Oポートは標準のCC0h以外にしてボードのほうはデフォルト(BIOS ONでI/OポートはCC0h)でやっていました。もともと内蔵の内蔵型のものがそこまでできるのかどうかは不明なので何ともいえないのですが…

特殊な方法を使えば、追加でSCSIボードを増設し、ＤＯＳ上で内蔵ＨＤと同時使用も可能です
ASPIマネージャーを標準でサポートする
アダプテックのAHA-1030を使用することです
AHA-1030のBIOSをカットし
内蔵ＨＤにASPIマネージャーを組み込みます
起動は、内蔵からのみですが、データドライブとして追加ＨＤが使用できます
フリーソフトで他のボードでも可能かもしれませんが
ＡＨＡ-1030以外では試したことはありません

　ＤＡで100MBなら、SCSIですね。NEC純正品でも、最近のものは「NEC」のベンダ名を返さないので、使えない場合が多いようです。
　最悪、内蔵HDDを取り払って、新たにSCSIボードを増設するという手段もありますが、どうしても内蔵HDDとインターフェースを生かしたければ、こんなソフトもありますので活用されてみては。
http://www.vector.co.jp/soft/dos/hardware/se009720.html

イレギュラーな方法として、DA内蔵の HDDユニットから、I/F部分を外してドライブだけにし、
CバスにSCSIボードを増設した後、ケーブルを本体の中に引き込むという手があります。(^ ^;;)
ちなみに自分の場合は、Cバス用 SCSIボードで、
内蔵 SCSI用コネクタのあるものを使い、内蔵 HDDユニットの I/Fを外して、HDDドライブをそこに繋いで使っています。
細かいやり方は、自分のページを参考にしてください。

http://www.amy.hi-ho.ne.jp/nakajima-jr/index.htm

ゴミレスですいません。m(_ _)m

みなさん色々とありがとうございます！とりあえず私はハードに関しては
自信がありませんので、内蔵ＨＤＤは殺して外付けＨＤＤを優先させる
ことにします。本当にありがとうございました！