以前I・ODATAのPK-A586/98をPC-9821Xs、Xp、9801BA2の３機種を
対応機種からはずすということがありました。

しかし動作報告もあるみたいでXsの場合、
初期出荷マザーボードにセカンドキャッシュと併用する場合に不具合があるみたいです。
BA2でも同じことが言えるのではないでしょうか？

＃PC-98パワーアップ道場に載っていましたよ。

CPUアクセラレータのメーカー側では，セカンドキャッシュとの併用時に不具合が存在することが確認されれば，動作確認に使用したマシンの一部ではその不具合が出なかった場合でも，その機種をまるごと動作対象外とするか，場合によってはセカンドキャッシュを使用しないとの条件のもとで（無論十分に動作確認をした後）対応機種に含めるのだろうと思います．BA2側の個体差のために，"当たりロット"ではセカンドキャッシュと併用しても動作するCPUアクセラレータは存在しているのかもしれませんが，実際に試してみなければ分からない，というのが実状ではないかと思います．

うるうる＠わたぽんさんの挙げておられるPK-A586/98ですが，Ap2やAp3あたりが正式対応機種に含まれていますので，セカンドキャッシュとの併用は原則的に可能であろうとは思います．XsとXpが途中から対応機種から外されたのは，例のCPU周りのバスの複雑なバグと関係しているのかもしれません（同様のロットはAp2あたりにもあるはずなのですが…）．BA2がなぜ外されたのかはわかりませんが，不具合報告があったのではないでしょうか．セカンドキャッシュがCバスBOXの真横にあるというのもセカンドキャッシュ関係での不具合と何か関係があるのかもしれません．
ちなみにアイオーのサイトの記事ではかなり長い間PK-A586/98の対応機種にXs/Xp/BA2が含まれたままになっていたような気がします．

Xs/XpやBp/BA2のセカンドキャッシュが安定性を損なうのは、
カードエッジコネクタを介した基板に大消費電流の高速SRAMが載っているにもかかわらず
電源ラインが異様に貧弱なために、部分的な電圧降下を起こしてキャッシュに蓄えた内容が
化けるためと推測されます。
特にXs/Xpのものに至っては、恐ろしいことに電解系コンデンサが一つも載っていません。
というわけで、既存の積層セラミックのパスコンと並列に電解コンデンサを適当に追加し、
(極性を調べるのを忘れずに)5Vの補助電源線を配線すると劇的に改善します。
5VはHDDのところからもらうと簡単です。Spectraシリーズみたいになります(笑

＃逆に言えば、As2/Ap2よりも対策が難しいから放置されたんだと思います。
実際、マザー側のバストランシーバ/バッファにコンデンサを追加する方法
(As2/Ap2で採られる方法)では若干の改善になるだけで、解決にはほど遠かったです。