もしかして再インストールの作業はDOSベースの環境での作業になってませんか？
もしその場合、DOS上でCD-ROMを使うにはConfig.sysとAutoexec.batにドライバの設定を書き込んで有効にしておく必要があります。
SCSIボード上で周辺機器としてはちゃんと認識されるのでドライバなどを特別入れなくても動作するような錯覚を起こしがちですが、CD-ROMドライブについては通常そうはいかないみたいです。
（PC-98の場合MOとかなら大丈夫なんですけどね・・・）
もしもそのあたり確認済みでしたら申し訳ないです。（^^;）

WindowsNTのインストール作業では、DOS環境のデバイスドライバは使用せずに、
起動用FDを作成する場合にDOSが必要なったと思います（CDブート可なら
そのままインストール可・・・PC98は駄目？？？）
大容量デバイスを検出した場合に、ATAPI以外にSCSIが認識されている事が必要です。
自分は、PCATでしかインストールを行なった事が無いので表現が異なるかもしれません。

良くやる手は、Win98などの起動ディスクでCDROMを認識させHDDへNT4のPC98フォルダを
丸ごとコピーしてインストールします。（PC98-NXならI386フォルダ）
St15を調べてみたら、AIC7870を搭載してるようですね。
標準で検出されるはずなのですが、おかしいですね・・・。
（余談ですが、ID6を使用してみるとか(^o^;　オンボードのIDを７にするのを
忘れないように・・・(^^;）

内部のSCSIケーブルがマザーボードから抜けかかっている（抜けている）と思われます。ご確認ください。

Epion様、まさし様、てんどん様アドバイスありがとうございました。
原因はてんどんさんのおっしゃる通り、ケーブルをつないでいなかった、です。
貴重なお時間取らせて本当にすみませんでした。 m(_ _)m
最初からこのケーブルは外れていたと思い込んでいまして。今度からはもう少し調査してから書き込みます。

おかげさまでセットアップはできるようになったのですが、今度はＰＣＩ−ＬＡＮボードの
インストール時にハングすることが判明しました。どうしても解決できない時はまたいろいろと教えて下さい。

なんだか見当違いな事を書いてしまっていましたが、無事に動作できたようで何よりでした。（^^;）