フォーマットが出来ないとの事ですが、読み書きはできますか？
ＦＤユニットは、ケース後部に２ＨＤ／２ＤＤのモード切替スイッチがある場合もあるので、確認してください。
ＦＤＤインターフェースボードも、２ＨＤ／２ＤＤの自動切替スイッチがあったり、接続ケブルの他に追加された専用の接続線がある場合もあります。
インターフェースボードと、ＦＤＤユニットのマニュアルを確認してください。
ちなみに、そのＯＳとそのハードウエアでは、１．４４Ｍはフォーマットできません。

すいません。説明不足でした。
フォーマットできないだけでなく、ディスクの書き込みもできません。
読み込みは何とかできるみたいです。
また、ＦＤＤインターフェイス、ＦＤユニットには設定するスイッチがありませんでした。
１．４４Ｍは読めなくていいのでなんとか１．２Ｍのディスクが使用できれば・・・

　以前、古い緑電子製外付けFDD（1.25MB固定・２ドライブ）を、PC-9821Ne(486SX-33)に付けたところ、やはり挙動不信になったことがあります。
　そのときは、PC-9801NS(386SX-12)に付けたら正常に動いたので、高速（当時では^^;）のCPUにドライブがついていけてないと判断、お蔵入りさせてしまいました。とりあえず、CPUを元の486SX-20にしてちゃんと動くか確かめられてみてはいかがでしょう。

さいたさん、wish.さん　レスどうもありがとうございます。
CPUを元の４８６SX−２０Mzに戻してみましたが、だめでした。

その外付けドライブは、2HD専用ですか？
2DD/2HD両用ドライブの場合、増設FDDインターフェースではうまく動作しないことが多いです。これは、メディアの切り替え方式が増設FDDの機種ごとに違っているためです。

中古で買ったため２ＨＤ専用かどうかわかりません。(マニュアルがなかった)
ＦＤユニットの前面には、LittleＺＦＷ　(緑電子製)と書いてあります。
どなたかご存知の方おりませんか。

ＺＦＷの１ドライブ版のＺＦＳをかつて使っていました。
で、手元にＢＸ／Ｍ２（標準状態、ＨＤＤなし）と
ロジテック製のインタフェースボードＬＦＡ−１９があったので試してみました。
結果はちゃんと使えました（読み書きとも）。

カタログ（'93）によると、このドライブは１ＭＢ／６４０Ｋ両用タイプで、
ＢＸは対応していますが、「ＰＣ−９８０１−８７」が必要と書いてあります。
マニュアル（'92.3）によれば、普通に接続すると２ＨＤ専用で、
添付の「騙助」を組み込むことで２ＤＤにも対応する旨書かれています。
ちなみにドライブ自体には設定項目はありません。

＃ドライブの不良や接続インタフェースボードの設定ミス（内部ケーブル接続忘れなど）
＃はどうなのでしょうか？
＃ＬＦＡ−１９では内部接続するのは３４ピンと追加信号の８ピンでしたが。
＃でも読込みができるのですから、このへんは大丈夫なんでしょうかね？

＃フロッピィのプロテクトスイッチとかじゃあないですよね。^^
＃↑マニュアルのトラブルシューティングに書いてありました。

ＹＵさん、Ｓ−ｍａｔｓｕさん　レスありがとうございます。
フロッピ−のプロテクトスイッチってライトプロテクトのことですよね？
また、オウルテックのインターフェイスボードは３０ピンと追加信号８ピンでした。
一応マニュアルどうりに組んでみたのですが、ひょっとして、このボードがいけないのでしょうか？