前に電源を落としてから次に電源を入れるまでの間に、フロッピーケーブルを触ったりしてませんか？抜けかけてたりする裏向きに刺さってたりすると、認識するけど読み書きできなかったり、５インチと認識されたりします。以前に触ったときに抜けかけてるってこともあると思いますし、一度ケーブルの接続を確認されることをおすすめします。
ちなみにおいらもCe2/T2D持ってますが、Win9xでの使用はあきらめちゃいました（苦笑

「9821FDDホームページ」
http://www.tokyo-green.ne.jp/98fdd/ --> 「９８ＦＤＤの掲示板」(９８２１ＦＤＤ伝言板)
で聞いてみるとか‥‥

>総額7600円 さん
ご紹介ありがとうございます。
そちらの掲示板で聞くことにいたします。

>風 早彦 さん　
フロッピーケーブルは過去一度だけFDDを増設した以来触ってません。
本日、全てのケーブルを確認しましたが抜けている＆抜けかかっているようなことは
ありませんでした。
全くもって謎です。

よくよく考えたらCe2でWin95の使用はエディタだけですね。
この春休みはもっぱらPC-98版の「下級生」専用機となってました(笑)。

別な掲示板を紹介しておいてナンですが（先方では既にレスがついているようですが），DOSでは問題ないとのことから，この症状はCe2のFDDとWin95のFDDドライバとの相性の悪さに起因するものである可能性がありそうです．当該症状とは別に，Ce2のFDDではWin95/98上で，FDDアクセス時にハングアップ／マウス停止という不具合が発生することがあるようです．下記のログによればこれはFDD2基搭載機の場合にみられる不具合らしいのですが，報告事例が少なく，原因の切り分けは十分ではないようです：
http://www.griffonworks.homeip.net/dorlog/2nddorcom/98mania/199808-199903/sled01107.html
※リサイクル ＆ リサイクル ： http://www.griffonworks.homeip.net/dorlog/2nddorcom/98mania/199808-199903/sled01107.html
--> 研究発表会 --> 98用3.5インチFDD互換性表
によれば，Ce2のFDDはFD1231T等と電気的には同じとのことですが，内部構造まで同じということはないでしょうから，FDDの不具合はCe2に特有のものなのかもしれません（BX4あたりで同様のFDDの不具合報告はあるのでしょうか？）．

また，Win95のFDDタイプの認識も元来必ずしも完全なものでもないようです：
上記リサイクル ＆ リサイクル --> リサイクル掲示板 --> 「リサイクルの観点で〜」

うるうるさんの紹介されているログのケースでも，いつの間にか不具合が解消されたとのことなので，上記のものを含むいくつかの条件が重なるとこのような不具合がでるのかもしれません．何らかの理由で，それらの条件のうちのあるもの（具体的には不明　爆）が取り除かれれば不具合がなくなるのかもしれません．
無責任なコメント失礼しました m(_ _)m

>Ce2のFDDではWin95/98上で，FDDアクセス時にハングアップ／マウス停止
3.5インチで認識されていたときにはこの症状は見たことがありませんでした。
(家にあるAptiva E21ではフォーマットするとハングということがしょっちゅうあるのでそっちの方が心配です。）
しかし、当たり前かもしれませんが、5インチ表示になってからFDDに1.44MBのフロッピーを読みこませるとハングアップします。
やはりWin95は無理だったのか？なんて思ってしまいます。
はたしてこれらの症状が9821Cs2でも起こるのか気になるところです。