今お持ちのものを確認したいのですが、
(1)Win98のフルパッケージ版（インストールディスクつき）
(2)Win98SEアップデートＣＤ（1050の直販版）
ということですか？

『システムディスク』とは(1)についていた「インストールディスク」のことだと思いますが、
> 実はシステムデイスクをＷＩＮ９８ＳＥにした時に
> 書き換えてしまっているのです
というのは、どういうことでしょうか？
もしかして、ＳＥの「コントロールパネル」「アプリケーションの追加と削除」「起動ディスク」で『ＳＥ用の起動ディスク』に変えてしまったということですか？

もしそうであれば、そのＦＤで起動してWin98をインストールすることはできません。それは、ＦＤがＳＥ用だからではなく、インストールディスクでないただの起動ディスクだからです。
過去ログにたくさんある「アップグレード版Win98（インストールディスクなし）」を使ったクリーンインストールを参照すればよいでしょう。インストールする領域から起動してsetup.exeという、例のヤツですね。このときその領域から起動するＯＳは、Win98SEでも、Win98でも、Win95でも、ただのMS-DOSでもかまいません。cd-romをサポートしたＯＳなら何でもかまいません。
もしWin98のcd-romをHDDにコピーしてあれば、cd-romをサポートしている必要もありません（これもFAQ）。

> とりあえずＳＣＳＩを「Ａ」起動させてできるのでしょうか？
最終的にＳＣＳＩをＡとして使いたいということですか？
その場合は、インストール作業中はIDEを切り離しておき、ＳＥへのアップデートまで済ませてからdrvasn98をあてるわけですが、そうするメリットはあまりなさそうです。今まではどうされていたのですか？
ＳＣＳＩをＣ（２台のＩＤＥがそれぞれ単一パーティションの場合）としてとして使うのであれば、何も考えずにＳＣＳＩから起動してsetupすればすむことです。

今動いているＷｉｎ９８ＳＥにもう一度アップデートＣＤのＷｉｎ９８ＳＥを上書きインストールしてみるのもひとつの手です。これならば登録したアプリ等の設定は引き継がれますし、多少不安定なだけなら回復することも多いです。方法は簡単で、Ｗｉｎ９８せの起動後にアップデートＣＤを入れ、エクスプローラ等からＳＥＴＵＰ．ＥＸＥを実行するだけです。

アップデートＣＤのみでのクリーンインストールは出来ず、一度Ｗｉｎ９８無印をインストールしてから上記と同様の方法で上書きアップデートするしかないのはちょっと痛いですよねぇ。なお、一般的なクリーンインストールの仕方は下記も参照してみてください。ＳＣＳＩをＡドライブにする方法については、かばさんのおっしゃる通りdrvasn98（まりもさん作）を使う方法になると思います。いっそ低速な標準ＩＤＥはすっぱりと捨ててＡＬＬＳＣＳＩにするのもひとつの手ですよね。

http://www.pluto.dti.ne.jp/~kouiti/setup.htm

皆さんありがとうございました。
かばさんに最後に今までどうしていたのかとありますが
ＳＣＳＩとＩＤＥでわけて起動していました。
理由は、どうもＳＣＳＩからだとスキャナーが動かなくプリーズしてしまうのです。
ＳＣＳＩでＣＤ−ＲからＨＤＤそしてスキャナーとつないでいるのですが
どうも安定でスキャナーを入れて立ち上げると起動しないのです
しかたないのでＩＤＥのＷＩＮ９８から立ち上げて（この時はなぜかすべて３つのＣＤ−Ｒ
　ＨＤＤ　スキャナーが認識する）でスキャナーをしたりしていました。

もしＳＣＳＩを再度クリーンインストールして使えれば
ＩＤＥとお別れができるのですが．．．．

こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳ さん　
ありがとうございました。
とりあえずやってみたらうまくできました。
いままで多発していたらトラブルもなく無事に使えますが
あいかわらずスキャナーだけは認識せず（涙）

あと関係サイトありがとうございました。
結構時間かかりそうなので
土日お休みの時に挑戦してみたいと思います。

皆さんありがとうございました。