フロッピーからの新規のセットアップであれば、先週私もやりました。
あらかじめWin2000に対応したUIDE-66のサポートディスクを入手しておいてください。ＩＯのＨＰでＤＬ出来ます。

まず、Win2000インストールフロッピーの１枚目をＦＤＤに入れて起動させます。
そうすると、最初の画面が青色になったときに画面の下側に英語のメッセージで「ｆ・６キーを押せ」と表示されます。このときに、「ｆ・６キー」を押してください。ただし、入力を受けつけましたとのメッセージ等は不親切にもありません。
その後２枚目の読み込みが終わった段階で、「Ｓキーを押せ」というメッセージがでるはずです。でない場合は、「ｆ・６キー」を押すタイミングが悪かった場合ですので、はじめからやり直してください。
「Ｓキー」を押したらUIDE-66のサポートディスクを挿入してください。
画面の中央に「I-O DATA ULTRA ATA 〜」と表示されたら成功のはずです。
後は３枚目４枚目と進んでいき、もう一度UIDE-66のディスクを使います。

セットアップの最初の方はずっと英語で記載されてます。上に書いたのは思い出しながら書いた物ですので画面のメッセージを理解しながらがんばってください。

よかった。
ちゃんと方法はあるのですね！！

なぜ、アイオーは、この方法を正式にサポートしないのでしょう？？？

ありがとうございました。

　UIDE-98の取説には書いてあったのですがUIDE-98Mの時から省かれていますね。
　NT系では既に常識ということでしょうかね。