先日入院させていたXv20がマザーボード交換されて戻ってきてから、ＩＤＥのＨＤＤとCD-ROMドライブが正常に動いてくれないのです。現在はどちらか片方だけなら使用することができます。
CD-ROMドライブのみを繋いだときは正常に動作するようです。ＨＤＤのみを繋いだときはこのドライブはMS-DOS互換モードのドライバで動いています。デバイスマネージャを見ると、標準IDEハードディスクコントローラに黄色い！マークがついています。
そしてＩＤＥにCD-ROMドライブとＨＤＤを繋いだときは、メモリカウントが終わってからSCSI機器のスキャンまで３０秒以上の間が空きます。その間、ＩＤＥのＨＤＤに数秒おきに周期的にアクセスしています。その後Windowsが起動すると、ＨＤＤもCD-ROMドライブも見えなくなっています。このときはデバイスマネージャを見ても標準IDEハードディスクコントローラは正常に動作していると表示されます。

ちなみに現在の環境は、ＩＤＥに購入時のままのＨＤＤとCD-ROMドライブ、SCSIにＨＤＤとCD-RWドライブを増設しています。ＯＳはWindows98SEで、まりもさんのDRVASN98を使用させていただいてドライブレターを変更しています。

標準IDEハードディスクコントローラを削除してインストールし直したり、Safeモードで起動したり、ドライブレターを元に戻したりしてみましたが直りません。[ESC]+[HELP]+[9]キーを押しながら起動もしてみました。ジャンパの設定は間違ってないと思います。動作の可否はコマンドプロンプトのみで起動したときもフロッピーから起動したときも同じです。またＩＤＥのＨＤＤが認識されないときはfdiskコマンドでもSCSIのＨＤＤしか認識されません。
こんな状態ですが、一体なにが原因なのでしょうか。どうかアドバイスをお願いします。