以前ここで、「Windows95ではできたけど Windows98ではできなかった」と言いましたが、
先程試してみましたら、何の問題もなく起動することができました。
コマンドプロンプトはもちろん、通常のGUIでの起動も問題ありません。
Disk作成手順は、Windows98で「システム転送フォーマット」をしたあと、
起動可能状態にあるHDDからのファイルのコピーです。

しかし以前試した時には確かにNGだったのに、どうして改善したのでしょうね。
あの時との相違点と言えば、SCSIボードがC-bus(LHA-301)かPCI-busかくらいでしょうか。

ちなみに起動時間は、ディスクアクセスが完了するまでで2分ほどです。(HDDでは30秒ほど)
さすがに遅くて常用は無理ですが、これで緊急時のrestoreはかなり楽になりました。

PDでも試してみましたが、アクセスした直後にHDDに処理が移行してしまって、
結局HDDで起動することになってしまうようです。今のところ原因不明。

とまあこんな感じで、以前の私の発言を撤回させていただきます。
どうやらMOでWindows98が起動できなかったのは環境(?)の問題のようですね。