それはIDE機器（この場合、HDDとCD-ROMドライブ）のプライマリ、スレーブ設定が正しく行われていないからでしょう。調べると、HDD側にも同様のジャンパスイッチが（たぶん）あります。
HDDがWestern Digital社製の場合で、かつ６ピンタイプの場合は、左上下２つ、１０ピンタイプであれば中央上下２つをショートさせれば、HDDがマスタ設定になります。
CD-ROM側のジャンパをいじって動くようになったのであれば、おそらくHDDとジャンパ設定がだぶっていたのでしょう。HDD側をマスタにした場合、同じIDEコネクタ上にあるIDE機器はスレーブ設定でなければいけません。
また、HDD側がシングル設定（ジャンパピンがうえの列で横にはまってたり）になっていた場合はスレーブ接続の機器は使えませんので、マスタに変更します。

上記のことが確認されれば、CD-ROMドライブ側のジャンパスイッチをスレーブにしなければなりません。Western Digital社製のHDDと同じ規格であれば、６ピンの中央上下にジャンパをショートさせればスレーブ設定となって正しく動作するはずです。もし違ったら・・・いろいろ試してみてください。(^_^;)

・・と思ったら、我が家のCb10をばらしてみて気付いたのですが、Western Digital社製のHDDが上列左寄り（シングル設定）にジャンパ、NECのCD-ROMドライブが、右側上下で動作していました。

ちなみに、２つ上で書いた場合が当てはまるのは、一本のフラットケーブルで２つの機器が接続されている場合で、ひとつ上の例は、２つのIDEバスにIDE機器がひとつづつ接続されている場合・・・で合ってると思うのですが。

ジャンパ設定くらいでは壊れませんので、いろいろ繋ぎ換えて遊んで見るのも一興かと思います。（こらこら
PC-CD60DRでしたら、こちらが御役に立てるかも
http://www12.freeweb.ne.jp/computer/ematei/junk/index.htm
の「不具合のない組合せを探す」の「PC-CD60DR」
そういえば「続報をお待ちください」と言いながら、永らく更新していないなあ。(爆;

PC-CD60DRのジャンパ設定なら以前にも書いた記憶がありますが、
　1.マスタ／スレーブ(ジャンパあり:マスタ，ジャンパなし:スレーブ)
　2.未使用
　3.検査用(常にジャンパなし)
　4.未使用
　5.未使用
　6.未使用
となっているようです。

Western DigitalのＨＤＤなのですか？
あそこのは、マスターとシングルの設定があって、１台のみの場合はシングル、スレーブに
２台目を取り付ける時はマスターと、使い分けしないとそれぞれ認識しないので、厄介です。

どうも、数々の貴重なご意見ありがとうございます。
早速試させていただきました。なお、当方所有のXa/C9Wは、HDDはWestern Digitalで、２つのIDEバスにIDE機器がひとつづつ接続されている構成です。
結果として、HDDの６ピンジャンパを上列左側とし、CD-ROMの２×６ピンジャンパのうち、
１のみジャンパしたところ、MS-DOS6.2でCD-ROMを認識しました。
ただし、メモリカウント後とNECCD.SYSを読みこむところで、イヤ〜なほど長い"間"があります。また、起動後にCD-ROMにCDをセットし、検索してみると、サブディレクトリを読む毎にナゼかいちいちHDDをアクセスします。しかしCD-ROM→HDDのファイル転送も問題なくできるようなので多分大丈夫でしょうか？
今後、余裕があればWIN95など入れてみて更に動作チェックしたいと思います。
どうもいろいろとアドバイスいただきましてありがとうございました。

＞イヤ〜なほど長い"間"があります。
うちのXa初代は、1のみおよび3のみでは１分ほど待たされますが、1と5または3と5というように設定すればそれほどまたされる事は無くなりますので、お試しください。

>5.未使用
上のような違いがありますので、未使用という事は無い様に思います。