ブートセレクトしても・・・
ということは、おそらくドライブレターの関係じゃないでしょうか、
ファイルの場所を指定するのに頭にドライブレターを記載してあるものの場合、
単純にAのコピーの場合にＢのみで起動させるのは難しいのではないでしょうか、

BAKZというソフトがどのようなリストア方法を取っているのか解らないですが、私のバックアップ方法はC:(Win98SE)を常用としていてA:にDOS窓からXCOPY(RISKYCHEFオプション)をし、B:に緊急用Win98SEが入っているのでそちらでフォーマット等を行いそのDOS窓からA:のバックアップをC:にリストアしています。

お使いになっているBAKZというソフトがどんなソフトなのかわからないので、答えようが
ないですねぇ。
製品版でしたらメーカーに、フリーソフトでしたら作者の方にお聞きになるのが妥当かと
思いますが・・・・

もしもBAKZがMS-DOSベースで動くソフトウェアでしたら、Aドライブにシステム転送して
そちらから立ち上げ、Bドライブに入っている（であろう）BAKZに対してコマンドを入力
すれば出来るのではないでしょうか？
FDSIKでの「ブート可」はきちんと設定されていますか？もしもA,B両ドライブがきちんと
「ブート可」になっているのであれば、drvasn98を使えば問題ない様に思えますが・・・

早速のご返答、ありがとうございます。
説明が足りませんでしたが、BAKZはWindows上で動くソフトです。
Aドライブの内容を、まるごとBドライブにコピーするというものです。
（スワップファイルを1個だけスキップしますが）。
具体的な操作としては、MS-DOSは動かしていません。
AからBにまるごとコピーできるので、
その逆も可能ではないかと思ったのです。
Bが起動ドライブになればうまくいくと思うのですが、
そこでdrvasn98をどう使ったらいいかがよくわからないのです。

>BAKZはWindows上で動くソフト
と言うことは、立ち上げたWindows上(Aドライブ)にBドライブの内容をそのままコピーしたいと言うことですね。現在使用中のシステムへのファイルのコピーはできませんね。
やるべきことは、ＫＯ１さんがやっていることと同じように、Aドライブのシステムと別なシステムを構築して、そこからバックアップファイルをAドライブにコピーすることですね。

「Readme.txt」及び「bakz.txt」に書いて有ります。
読んでから使いましょう。（必要な事がすべて書いてありますconfig.sysの事までも、親切な作者さんですね）

Backupツールはバックアップをとっただけで信用してはいけません、確実にリストアできる事を事前に自分の環境で実験しましょう。

　現在、内蔵ＨＤを切り離せば外付けＨＤから起動できるという状態であれば、drvasn98を使うのが簡単でしょう。内蔵ＨＤから起動したWindowsのdos窓で『drvasn98 b:』によって設定メニューを出し、ドライブ順を『SCSI-IDE-FD』の順に指定すればＯＫです。この状態で、内蔵・外付けいずれのＨＤからも、（そのＨＤをＡドライブ、もう一方のＨＤをＢドライブの状態で）Windowsが起動できます。
　従って内蔵ＨＤのWindowsがこわれたときは、外付けＨＤから起動した状態で内蔵ＨＤをきれいにしてから、前と同じ方法で『ＡからＢへの丸ごとバックアップ』を行えばよいでしょう。ただしコピー後に内蔵ＨＤに対して再度drvasn98を適用し、こちらの方は標準のドライブ順に戻しておかなくてはなりませんね。

D2F等のDOSから使えるディスクイメージ作成ツールの方がいいような気がしたり。
たしかWindowsのDOS窓からも行けたと思うので、バックアップを取るためのバッチファイルでも用意しておけばクリック一発、も可能でしょうし。
これなら、外付けHDDにWindowsの起動ディスクからシステムとディスクイメージ関連のツール（コマンド一つだけ）だけ...好みによってformat、fdisk等を転送しておいて、DOS7が起動できるようにしておけば、内蔵HDDが吹っ飛んだときにもディスクイメージから復元させることができると思います。

[D2F]
http://www.vector.co.jp/soft/dos/util/se060694.html

# まあ、こんな方法もある、っていう参考にしかならないかな...

　Casper-01 さんのおっしゃっている通り、この作者の方はとても親切だと思いますよ。
説明の通りにやればDOSに関する知識が多少乏しくてもフロッピーから起動して、DOSでリストアできる方法が書かれていると思いますよ。
作者さんのページにサポートページ、サポート掲示板もありますが、そちらをちゃんと読んでみるのも良いでしょう。

ただ、DOSからだと一晩中かかりそうなのでWindowsからリストアの方がいいです。
PC-98シリーズの特権(でもないか?)
B:の後に100M位(Windowsをインストールして動作できる最小)でC:を作ってWIN95を最小でインストールします。
これはDOSプロンプトだけ使えればいいので他のツールは必要ありません。
リストアの時、C:から起動してB:からA:に丸ごとコピーします。

基本的に、ＫＯ１ さんが言っていることをやっているだけなんですが、２回目以降は差分だけ削除したり、追加でバックアップしたりするので早いです。

たくさんの情報ありがとうございました。
BAKZのマニュアルも読んでみましたが、ちょっと難しい言葉が出てくると、
そこから先はなんとなくわかったような気がして、
結局ぜんぜんわからなかったりします。
そもそもBIOSというものが理解できていないので、
個人的にはけっこう難しいものでした。

結果的には、『drvasn98 b:』とTABキーでSCSIの起動に成功して、
SCSIのBAKZを起動して、内蔵HDに書き戻すことができました。
この『drvasn98 b:』というのが、うまく理解できてなかったようです。
なぜ『drvasn98 a:』ではなくて、『drvasn98 b:』なのかということです。
いまでもわかりませんが、とりあえず『drvasn98 (SCSI):』で初めて、
終わったら『drvasn98 (IDE):』、ということで覚えておこうと思います。
"a:"とか"b:"だと起動するドライブによってコロコロ変わるので、
混乱してしまいますので。

D2Fもいちおうダウンロードしてみました。
危機管理という面では、フロッピーから起動できるので、
DOSのツールというのは捨てがたいものがあります。
コマンドをタイプするのは面倒ですが、
FD（ファイラー）を使えばだいぶラクになりますし。
まあ、こういう安全装置は、二重三重にしておいても損はないので、
D2Fにも挑戦してみたいと思います。

とにかくたくさんのアドバイスを頂けて、とても助かりました。
ありがとうございました。

『drvasn98 b:』というのは、そのときにｂという名前のついているドライブの起動情報を変更しなさいというコマンドです。

　もともとの内蔵ＨＤから起動したときは外付けＨＤがｂなので、その外付けＨＤの起動情報を変更するときはこのように指定することになります。
　その外付けＨＤを丸ごと内蔵ＨＤにコピーすると、そこに含まれていたＳＣＳＩ優先の起動情報までコピーされてしまいます。内蔵ＨＤから起動するときはその起動情報を元々のものに戻してやらなければならないので、再度drvasn98を実行して内蔵ＨＤの起動情報を変更しなければなりません。このとき内蔵ＨＤはｂドライブになっているので、入れるべきコマンドはやはり『drvasn98 b:』ということになります。

かばさんも書いていますが、drvasn98を走らすときは「現時点でのドライブ名」しか分からないわけです。適用後の次回起動時のドライブレターなんて、やってみなければ分かりません(^^;。まだ接続していない装置もあるかもしれないわけですし。それに、起動可能ドライブは一つだけではありませんから、その中から選ぶという意味で、現在のドライブレターの指定をします。
なお、d2fではバックアップを元に戻せない問題があったので、こちらをお勧めしますね。
http://homepage1.nifty.com/marimono/
にある drvcpyといソフト。