UIDE-66は持っていないので詳しい挙動は解らないですが、UIDE-66側のBIOSが1台32GBまで(×4台までOK)のHDDまで対応しているはずなのでそれ以上の容量では「認識しない」「認識しても32GBまでしか使えない」「32GB以上使えるがなんらかの不具合が出る(32GB以上の領域からブートできないなど)」というようなパターンが考えられます。
また、Win側のフォーマットの制限もあるのでWin98SEを使うなら32GBまでのHDDを使うのが無難ですね。

蛇足ですが・・・
Ｗｉｎ２０００のセットアップのところでも書いたのですが、ＵＩＤＥ−６６経由でのクリーンインストールは少々コツがいります。Ｗｉｎ２０００のＣＤ−ＲＯＭから作成出来る４枚のセットアップディスクからでは、ＵＩＤＥ−６６のドライバディスクを入れても（インストール途中で要求されます）、ＵＩＤＥ経由のＨＤを見つけてくれず、インストールがストップしました。（Ｗｉｎ９８上からのアップグレードインストールは問題無しですが、３回ほどドライバディスクを要求されます）
クリーンインストールする場合は、ＨＤにＷｉｎ９ｘのシステムを転送し、ＨＤから起動した上でＷｉｎ２０００ＣＤ−ＲＯＭの￥ＮＥＣ９８￥ＷＩＮＮＴ．ＥＸＥを実行する必要があるようです。
以上ゴミでしたらすいません。

※補足
ＵＩＤＥ−６６自体はＷｉｎ２０００に正式対応しているようです。（購入した製品のパッケージ及び説明書にはＷｉｎ９ｘのみ対応の記載）

　『認識するが32GBまでしか使えない』ということだったと思います。ただしデータドライブ専用として使うのであれば、ＡＴ機でフォーマットして９８につなぐことにより32GB越えができるという報告がありました。
　この32GBを含め、4.3GB、8GBなどの壁は、すべて１台のＨＤに対する制限です。これに最大接続台数（４台だったかな？）をかけたものが、自動的に総容量に対する制限値になります。１台のＨＤをどのようにパーティション分けしても、制限は変わりません。
　なお最近の、IDEドライブを利用した外付けSCSI-HDでは、１台のＨＤを２台に分割して使う機能がついているものがありますが、この場合はそれぞれが１台ずつのＨＤと同等なので、32+32=64GBのものまで全容量使用することができます。

なるほど・・・。

OSのブートも含めてメインで使おうとするなら30GB程度のものが良さそうですね。
となると現在使っている3GBと2GBのIDEが余ってしまうので
かばさんが教えていただいたAT機でフォーマットする方法で
データドライブとして使い続けることにします(^^)。

ＫＯ１さん、こういち＠ＢＤ５Ｂ−ＲＳさん、かばさん、ありがとうございました！