OSがWin95アップグレード版との事なので、恐らくWin95SP1の事だと思います。
これはFAT32には対応しておらず、FAT16のみになります。
FAT16の制約で、1パーテーションは2GBまでしか作成できません。
ですから、6GBを1パーテーションで使うには、Win98を使用する必要があります。
という事で、Win98を別途御入手下さい。
Windows保護エラーの件ですが、メルコのキャッシュコントローラーはインストールされましたか?
未だでしたら、インストールしてください。
350MHz以上のCPUでWin95を起動すると、高確率で保護エラーが出ます。
他にも方法はありますが、メルコのキャッシュコントローラーが一番簡単ですので、これをお勧めします。
メルコのサイトはこちら、
http://www.melcoinc.co.jp/