よくわかりませんが、
>外付SCSIを繋いでみても、起動時のIDスキャン画面は出ません(ふつう出ますよね？)
なぜか知りませんが、ＵＩＤＥ-66をつけてからは、ＳＣＳＩのＩＤは、出なくなるようです。ただ、ＷＩＮＤＯＷＳ上では、きちんと動いてます。

>ボードのBIOS設定画面の出し方がわかりません。「CTRL+A」と聞いていたのですが、まったく無反応です。
当然です。CTRL+A で設定画面を呼び出すのは AT 互換機の場合で、PC-98 series では付属しているディスクで設定します。

>メインコントローラに「AHA-2940J/ COMMON」のシール
これを見ると、AHA-2940U ではなく、AHA-2940 に見えますが……。

>外付SCSIを繋いでみても、起動時のIDスキャン画面は出ません(ふつう出ますよね？)外付SCSIを繋いでみても、起動時のIDスキャン画面は出ません(ふつう出ますよね？)
はい? 何故普通なのですか?
Adaptec OEM で NEC 純正の SV-98/2-B03, SV-98/3-B02, PC-9801-100, PC-9821X-B02, PC-9821X-B02L, PC-9821X-B09, PC-9821X-B10 に触れたことがありますが、総べて SCSI ID の scan の画面表示はされません。
また、Adaptec な SCSI ボードは AT互換機と PC-98 の両方に対応しているボードで、AT 互換機では ID のチェックが表示されますが、PC-98 に於いては、 触ったことのある、AHA-2940N, AHA-2940, AHA-2940U, AHA-2940UW, AHA-3940U, AHA-3940UW の何れも何も表示されませんが。
#旧い C-BUS の SCSI ボードもほとんどが SCSI ID のチェックの画面表示は無かったと記憶していますが(表示を出力するのは特徴になっていました)。

ID0 にすると、メモリチェックの後反応しなくなるみたいなのですが、その HDD は件の SCSI ボードでフォーマットしては居ない様に感じられますが、どのような SCSI ボードでフォーマットしたものでしょうか?
また、繋いだ HDD のベンダ名と名称は何でしょうか?

この SCSI ボードにつないで初期化からしなおせば大丈夫な様な気がします。

にしても、SCSI BIOS によるデバイスの認識とドライバによる SCSI ボードの OS からの認識は別物ですので、「Windows98SE を云々」は関りがありませんよ。

>Adaptec.comからFamily Manager setというものを落としてきて、……
英語で書いてあり、わざわざ PC-98 のことを記述していないということはどういうことか御推察下さい。
ちなみに、以前 adaptec.com から get した AIC-78xx 用のドライバを PC-9821Xt13/K12 に於いて Windows95 で使用したことがありますが、特に不都合なく動きました。
しかし、現在のヴァージョンでは試したことがありませんので、どうなるか解りません。

>なぜか知りませんが、ＵＩＤＥ-66をつけてからは、ＳＣＳＩのＩＤは、出なくなるようです。
Adaptec な SCSI ボードを PC-98 で使って SCSI ID scan の画面出力がされるのですか?
寡聞にしてその様な話は知りませんが、もし画面出力がなされているのでしたらボードの型番と BIOS のヴァージョンを御知らせいただけませんか?

うろおぼえですが、
このカードの設定モードに入るには専用のFDから起動します
起動時のIDスキャン画面は表示しない仕様です
BIOSがついていて起動可能なSCSIカードは複数つけていてもそのうち1枚のカードにつけているドライブからしか起動できないので、UIDE-66が優先されている状態では、取り付けたハードディスクが認識されるのはWindowsが起動してからになるので、ドライブレターはFDDより後になります

> BIOSがついていて起動可能なSCSIカードは複数つけていてもそのうち1枚のカードにつけているドライブからしか起動できないので、UIDE-66が優先されている状態では、取り付けたハードディスクが認識されるのはWindowsが起動してからになるので、ドライブレターはFDDより後になります

　そんなことないはず。UIDE-66(98M)は、SCSIカードではありません。念のため手元のUIDE-66＋SC98-3（IDスキャン出ます）で確認してみましたが、どちらからも起動できますし、ドライブ順はFDDより前です。
　MacRo さん　の環境でドライブレターがFDDより後になっているのは異常です。SCSI-BIOSが機能していませんね。Adaptecのカードは使ったことがないので私には原因は分かりませんが、もしかしてBIOS無効に設定されているとか。

Adaptec製のカードでAHA-2940AUを使ってましたが、他のSCSI-BIOSを見つけると自動で無効に成った筈です。
但し添付のセレクト９８（と言う名前でしたっけ）を使用すればBIOSの設定は可能です。

どうもありがとうございます。

まず、AHA-2940Uなのかどうかという点について、PCB上には「AHA-2940/2940U」とあり、
http://www.microsoft.com/japan/support/kb/articles/J052/7/48.htm
こちらによると、確かにROM(DIP on Socket)上のシールからして2940Uぽいです。

SCSI-IDスキャン画面については、PC-98x1でAdaptecを使うのが初めてでして、互換機で
別のAdaptec-HAを、別のPC-98x1でSC-UPCIやＣバスのHAを使っている感覚でIUDスキャン
画面が出るかな？と思っていました。

>ID0 にすると、メモリチェックの後反応しなくなるみたいなのですが、その HDD は
>件のSCSI ボードでフォーマットしては居ない様に感じられますが、どのような
>SCSI ボードでフォーマットしたものでしょうか?

はい、確かにこの外付HDD(Quantum-ATLAS)は、SC-98IIIで初期化〜フォーマットした
ものです。いわゆるマルチベンダとは違うんですね。>2940U

PC-98x1上でのSCSIselect起動には、専用のツールをFDから起動することにより可能だと
いうこともおぼろげながらわかりました。

UIDE-66+SC-98IIIという環境は別のPC-98x1で使っています。
こちらも起動時には、まずSC-98IIIのSCSI-IDスキャン画面があり、そのあとUIDE-66の
デバイスSCANになります。SC-98IIIにはID:0のMOだけを繋いでいます。

2940Uに繋いだHDDがWindows98SE上でFDDより後ろにアサインされる点については、
起動時のBIOSで認識されないデバイスの挙動だなと理解しているのですが、UIDE-66
接続のHDDから起動したクリーンブートのMS-DOS6.2から、2940U接続のMOが読み書き
できるので、構成をもう少しシンプルにして再度検証してみます。
なるほど、2940UからみたUIDE-66はもう一つのBIOSつきSCSI-HAだから、自身のBIOSを
無効にするという仕様なら頷けますね。

PC/AT互換機のほうはメインがSCSI起動なので、気楽にHAを入替えて試せる状況にないの
ですが、なんとか実験機を仕立てて、こちらから2940UのBIOS画面をチェックしてみます。

まさしく9821Xa10に2940を刺しています。BIOSのセットアップは、専用のFDから起動しておこないます。SCSIIDスキャン時は、真っ暗です。
9801用はPC/AT機と互換性はあるようですが、逆はものによります。SCSIBIOSを覗くと、前半部と後半部によく似たコードのところがあります。どちらがどちらか別にしてこれが両方で使える理由のようです。

>BIOSがついていて起動可能なSCSIカードは複数つけていてもそのうち1枚のカードにつけているドライブからしか起動できないので、UIDE-66が優先されている状態では、取り付けたハードディスクが認識されるのはWindowsが起動してからになるので、ドライブレターはFDDより後になります
PCI スロットに SCSI ボードを複数枚挿した場合にはそうですね。
しかしながら、UIDE66 は SCSI ボードではありませんので共存出来ます。
#現に、AHA-3940UW と UIDE98 で共存させて使っていたことが少しの間ありましたが、どちらのボードに繋いだ HDD も BIOS 認識出来ました。
#かばさんが書かれている通りです。

ところで、読み直してみましたところ、
>起動可能なので固定ディスク起動メニュープログラムに外付SCSIの領域が表示されますが、
と書かれているので、BIOS 認識はしているようですから FD から立ち上げて、MS-DOS 6,20 の format.exe でこの SCSI HDD の初期化をしてから領域確保をしてみては如何でしょうか?