余り変化がないでした。
　それよりも、うちの環境ではどうも電力不足のようで、SC-UPCIがアクセスすると画面に
ノイズがはしります。
(特に1024×768で75Hzにしてると如実ですが640×480だと気になりません)

　ちなみにうちの環境(本体に内蔵して接続してるもののみ)
PC-9821Xa16/W
CPU HK6-MS466-N4(を2.5Vにして500でかつ入れ使用)
HDD Maxtor 53073U6をAEC-7720UWにて接続
FDD 3.5"×2 , 5"×1
PCI GA-S2K32 , SC-UPCI
C-BUS PC-9801-86 , S-MPU , PC-BOX164の接続用ボード
電源は標準のやつ(90Wか145W)です(確認してません)。

Xa/Wシリーズなら標準で145ＷのOEMデルタ電源だと思います。出来れば早い内に電源を交換して容量UPをした方が良いと思います。以前、私もAEC7720UW等の装備を施した後HDDから「異音」が響くようになったりと色々な症状に見舞われたので・・。
因みに私もXa16/Wです。250Wのデルタ社製の物でも良いですし、300Wの物でもOKだと思います。

些細なことなんですけど、いいかげんREADME.TXTの対応機種にPC-9821を入れてくれんかなぁ。

私もようやく S2K32 を手にしました(中古)。

パフォーマンスを見てみましたが「悪くは無い」と言う感じですが...画面描画がちょっと不自然ですね。
☆FX16N よりはベンチマーク上の数字は良いかな？
　デスクトップ上の画面描画速度が改善されれば十分な感じはしますけど...