フロッピーケーブル逆挿ししてないかの確認をまず。

大丈夫です。だってフロッピーケーブル外してないですから。
そう言えば、説明書見たらディップスイッチ？のスイッチングを間違えてました。
メルコめ〜！補足の紙をわかりにくいとこに入れやがって〜。
これが原因かな？

ディップスイッチを補足の説明書通りにしたら450MHZになっちゃったので説明書通りの間違ったスイッチングをして533MHZに戻しました。
もとが500MHZまで出せるみたいなので大丈夫かなって思って。ダメ？

フロッピードライブが沢山認識されるのはまりもさんの仰るようにケーブルの逆差しが考えられます。しかし外していないと言うことでしたら下駄の位相設定かもしれませんね。

下駄の位相に関しては過去ログをご参照下さい。もしくはMMX掲示板かな？
マニュアルを熟読してから取り付け作業を行った方がいいですよ。私は最初にマニュアルを読んでから作業してます。（それでも見落とすことも多いですが（汗））
N4下駄のディップスイッチの設定は非常に重要なので気を付けてくださいね。よくわからなければ過去ログ等で知識を付けられるといいでしょう。
それにMD500ということですので500MHz以下のクロックで動かすのが定格です。よって533MHz等での動作は保証外になりますね。533MHzでも動くとは思いますが安定するかどうかは調整次第かな。

いずれにしろお使いの環境をもっと詳しく書かれた方がいいでしょう。機種名だけでなくOS等も書いた方がいいと思いますよ。（別スレッドで書いたとしてもこのスレッドしか読まない方も多いですから）
それと細かいことなので恐縮なのですが、スレッドのタイトルはわかりやすいものにした方がいいですよ。このページの上の方にある＜お知らせとお願い・ご注意＞をよくお読みになって下さい。

＞N4下駄のディップスイッチの設定は非常に重要なので気を付けてくださいね。よくわ
からなければ過去ログ等で知識を付けられるといいでしょう。
そのようですね。昨日、間違ったスイッチングで使用してたら起動しなくなりました。
＞いずれにしろお使いの環境をもっと詳しく書かれた方がいいでしょう。機種名だけで
なくOS等も書いた方がいいと思いますよ。
それではもう一度。
PC9821V166S5C、Windows98使用、IO製Voodooバンシー、UIDE-66使用、メルコ製HK6-
MD500-N4使用です。
フロッピーケーブルって、フロッピードライブに付いている線が何本も水平に付いてい
るケーブルですよね？触った覚えないんだけどなぁ・・・。
しかも、3.5インチが２つ5インチが２つ認識されてて計４つのフロッピードライブを表
示してる・・・。

　私はＶ１３／Ｓ５でＰＬ−Ｋ６−III／９８を使用してＫ６−III／４００を使用していますが、同じ現象になったことがあります。
　自作機ケースにマザーを移植した直後からだったので、ケーブル差し違えが原因でした。
　ひょっとすると何かの拍子に差込が甘くなってたり、扱ったのが記憶にないのかもしれないので、一応チェックされてみることをお薦めいたします。

＞3.5インチが２つ5インチが２つ認識されてて計４つのフロッピードライブを表
示してる・・・。
まりもさんも、言われていますが、ＦＤ信号線逆差しの典型的な症状なのですが・・・
抜けただけでもそうなるかは？不明

ちょっと念入りにもう一度調べてみます。
確かにケーブル以外怪しいとこはないですもんね。
いろいろ有り難うございました（^-^）

9821のFDDケーブルでは、１番ピンが赤色マークとはなっていない機種がほとんどなので、間違いやすいです。

ＦＤの機種によってはＦＤ側のコネクタ部の切り欠きが逆についていたりして
間違いやすいです。切り欠きが上でも下でもケーブル側の出っ張った部分は上
だったかな。

＞切り欠きが上でも下でもケーブル側の出っ張った部分は上だったかな。
　あくまでもFDDケーブルが、MB側、FDD側ときちんと装着されていると言う条件の元での話ですので、完全分解してFDDケーブルをMB側、FDD側を逆に付けたりしていると切り欠きが正しくても失敗することがあります。

　ちょっと確認すれば分かるのでMB側の一番が、FDD側の一番に来るように取り付ければ絶対に間違いませんし市販のFDDケーブルも使用できます。

ケーブル全部抜いてはめ直したらなぜか回復しました！！
CPUを乗せ変えるときにFDDケーブルにドライバーか何かが当たり接触が悪くなってたようです。大変お騒がせしました。ご免なさい。

　あ、やっぱりそうでしたか。
　私の時もいっぺん全部外してはめ直したら直ったんですよ。
　何より復帰して良かったですね。