PC-9821A-E10かPC-9801FA-02を改造してただののっぺらボードにしたい
のですが、どうやればいいのですか？

改造ですよ。改造。IDやINTやDMAなんかを別に設定してやるやつじゃなくて
（それだとメモリやリソースを消費する）