harayamaさん場合は、ＨＤＤ丸ごとコピーですが、次の方法を試してみては、どうでしょうか？（windows９５の大容量ハードの新規インストールなんですけどね。）

４．３ＧのＨＤＤをマスターに付けて、システムインストールディスクから立ち上げる。そうすると、ＨＤＤの接続エラーが出るのを確認。（普通、出ると、思いますが。）そしたら、次のページから、（http://www.ss.iij4u.or.jp/~b-itoh/index.shtml）SENSEHD.LZHをダウンロードして、システムインストールディスク（コピーして、そっちの方に）にパッチを当てる。そのディスクで、立ち上げると、ＨＤＤを、認識するので、後は、普通に、インストールする。（丸ごとコピーじゃないです。汗）

該当HDDから起動したときに元のHDDの接続状態は書き込みから判断できませんけれど、
下でも出ていますが、WDのHDDはMASTER,SLAVEの他にSINGLEと言うのもあって
１台のみ接続する場合はこれにしないとだめだったはずです。

一般に、掲示板に書き込むことはメールするとは言いません(^^)

>WDのHDDはMASTERSLAVEの他にSINGLEと言うのもあって
>１台のみ接続する場合はこれにしないとだめだったはずです。
WDのHDDにも依るかもしれませんがWDC24300(WDの4.3G)のものを使用していたときは、
1台だけなら"SINGLE"または出荷時の状態であるJPの3番5番ショートでもOKです。
また、2台繋ぐ時はそれぞれのHDDのジャンパを確実に"MASTER""SLAVE"に設定しないと動きませんね。

「丸ごとコピー」したHDDから起動させようとすると、「接続に問題があるとのコメントがでます」なのですか？（このメッセージは、システムインストールディスクで起動して再インストールするときに出るものかと思いますが）

まずこのHDDで「起動できるかどうか」を調べてみましょう。diskinit（新品の場合は不要）、fdisk（起動可に設定）、format、システム転送（sys c:　またはformatのときに/sオプションをつける）だけを行った状態で、新HDDから起動できるかどうか確認してください（fdisk /mbrは不要です）。
これでコマンドプロンプトで起動できれば、ハード面の問題はありません。

起動できない場合は、他の方のコメントにもあるように、ジャンパ（特にシングル／マスタ）を確認してください。

ＨＤ丸ごとコピーについては、過去ログにもたくさん記事があるはずですが、「（長いファイル名を保持するために）旧Windows環境で、システムファイルなどもすべて」コピーしなければ、正しく起動することができません。

＞起動ディスクの書き換え
これは本体付属のシステムインストールディスクとバックアップＣＤを使って再インストールするときの話です。新ＨＤＤをフォーマットして「丸ごとコピー」するときや、新しいＯＳをインストールする場合は、これに該当しません。

＃　ご質問の冒頭で引用されている記事、削除されているようですね。
＃　少しきびしい言い方でコメントをつけてしまったのが気になっていたのですが、何かそれが原因でトラブルがあったのでしたらお詫びいたします。

》1台だけなら"SINGLE"または出荷時の状態であるJPの3番5番ショートでもOKです
おぉ、そうでしたかご指摘ありがとうございます。
以前はシングルでないと駄目だった記憶がありますが、変更になったのでしょうか？