増設した HDD のジャンパ設定がマスターになったままなのではないでしょうか？
☆２台目を増設するときはスレーブ設定にジャンパを切り替えましょう。
　設定方法についてはＨＤＤ表面のラベルに印刷されていると思います。

立ち上げたFDのMS-DOSのCOMMAND.COMが無いからかな？

もちょい詳しく書いてないと解かり難い？

WesternDigital　4.3GBをA:Bドライブ（DOS/V）
WesternDigital　270MBをC:Dドライブ（DOS/V）
今現在、OSはまだ入れてません。（WIN95）
質問ですが
マスター・スレーブの設定（4.3GBと270MB）
MA・・・マスターの意味
SL・・・スレーブの意味
CD・・・？？？
マスター・スレーブの設定をすればセットアップの画面で
HDDを認識するのでしょうか?
（正しく接続されていませんとメッセージが出てますが）

ついでに聞きますが、
Quantum製で
PK・・・？？？
CS・・・？？？
DS・・・？？？
SP・・・？？？
あとWesternDigital　4.3GBはDOS/Vで使用されていたので
普通のFORMATでよいのでしょうか？

お願いします。

ちゃんとマスターとスレーブに設定しているとして、
ＤＯＳ／Ｖで使っていただけで、なにもＶ２００（9821用）に変更
（ＤＩＳＫＩＮＩＴなど（余り使わないので、スペルミスはご勘弁を））
していないのであれば、起動用ＦＤが無いと、ＨＤＤ自体認識どころか、
動きませんが、（システムディスクをいれてください。と出るぐらい。）

ま、今回は設定ミスの可能性が多分に有りますが！。
きちんと設定したら、どのレベルで使うのか分かりませんが、
ＤＯＳ５，０ＨレベルならＦＯＲＭＡＴですか。で良いはずですが、
ＷＩＮ９５以降ならＤＩＳＫＩＮＩＴからしないとだめです。

注：最近あまりやらないのでミスはご勘弁を、
　　個人的にはＷＩＮ上からＦＯＲＭＡＴか、ＤＩＳＫＣＯＰＹ９８使って
　　バックアップするのが多いので。

僕も気になってはいたのですが、起動用ＦＤが無いと駄目ですよね。
ほかの人に聞いたら、要らないと言われたのでおかしいな〜と思って
いたのですが。起動用ＦＤを使ったら、壊れていました。う〜んどうしよう (☆-◎;)ガーン
バックアップCD-ROMから起動用ＦＤを作れませんか。それかDOS/Vの起動用ＦＤは使えない
のでしょうか？ノートはWIN９８だし困ってます。誰か助けてー(>_<)

まず、足りない情報ですが、V200の機種名は最後まで書いてくださいね。
V200も種類によって付属のOSをインストールする時の注意事項が違ってきます。
それとお手持ちのOS、そしてその構成も書いてくれると解決策が見つけ易いですよ。

V200がS7CやM7Cなどのように末尾に数字が付かないタイプ(通称「流星」)は内蔵I/Fは4.3GB以上の容量のHDDを接続するとハングアップします。＜これは4.3GBなので問題ないですね。また末尾に数字の付くタイプ(通称「青札」)は32GBまで認識しますがWin95Bでは8.4GBで引っかかります。(詳しくは過去ログにあります)
そして付属のOSをインストールする場合にHDDチェックが有るようでHDDを変えているとエラーが出てインストール出来ない仕組みになっているようです。＜これを回避する方法は過去ログにあると思います。青札ではHDDチェック無いはず、、

システムインストールディスクが無い場合はNECから有償で再発行してもらうかCABSセットアップ(これもやり方は過去ログにあり)をする方法もありますが、その際は付属のアプリ等はインストール出来なかったりそのままでは不具合出る場合も有るようです。

Win95で作る起動ディスクはCD-ROMのドライバが有れませんからインストールには使えませんしPC/AT互換機の物も使えません。
皆さん書いてますがPC/AT互換機用として売られているもしくは使われていたHDDはDOS5や6.2ではFORMATコマンドのメニュー内で処理出来ますし、Win9*ではDOSモードでDISKINIT＞FDISK＞FORMATの手順で使用可能になります。
ただし、それらのOSから見えないフォーマットが使われている場合はその限りではありません。

WesternDigital の HDD
MA:マスター
SL:スレーブ
CS:ケーブルセレクト(通常は使用しない)
☆注意点として１台のみで使用する場合はシングル設定(MA-SLをまたいでジャンパを挿す)で使います。

Quantum の HDD（手元にあるのが古い物なので）
DS:マスター
ジャンパ無し:スレーブ
SP:スレーブ(Jumper in Storage Position ←?)
CS:ケーブルセレクト(通常は使用しない)
☆Quantum の設定表は見慣れないと読みとりにくいですね（笑

とりあえず問題発生回避の為にＨＤＤを 4.3GB １台のみでＯＳのインストールを行う事をお奨めします。

このV200を、結局の所どうされたいのですか？

バックアップＣＤを使って購入時のWin95状態を復元したいのですか？　ＫＯ１ さんの言われるように、その場合はもともとV200に付属していたインストールＦＤが必要です。さらに、HDDチェックを回避するための小技を要する場合があります。この場合、現在のHDDの状態がどうなっているかにかかわらず、インストールＦＤ起動によって再インストールできるはずです（ＨＤＤの初期化などはその中で行う）。

パッケージ版のWin98を入れるのであれば、同様に、それに付属しているインストールＦＤを使えばいいだけです。

それとも単にＨＤＤをフォーマットするだけでいいのですか？　お持ちのノートがPC-98ならば、これを利用して作ったノート用起動ディスクに、V200のバックアップＣＤからio.sys、msdos.sys、command.com、config.sys、autoexec.bat、それとＨＤＤをformatするためのdiskinit.exe、fdisk.exeなどを上書きコピーすれば、V200用の起動ディスク（とほぼ同じもの）になるはずです。ノート用起動ディスクのままでもV200を起動することができるかもしれませんが、ライセンスの問題もありますので、上記のようにしておく方が安全です。またこれらのシステムファイルは、たぶんバックアップＣＤのwindowsoptionscabsにあると思いますが、もしなければ検索をかけたらいいでしょう。

以上いずれの場合でも、ＦＤで起動したときに最初の質問のあるようなメッセージが出るということであれば、改めて質問してください。