けいたろうさんへ
なかなか苦労なされているようですね。（＾＾；；
こうなったらＤＯＳの起動ドライブのセットはあきらめて、
ＷＩＮ９５のドライブから立ち上げ→ｆ・８→以前のＭＳ−ＤＯＳ環境を使用する
でＭＳ−ＤＯＳ環境を立ち上げた方がよろしいのではないでしょうか？
この場合ＭＳ−ＤＯＳ環境用の、ＩＯ．ＳＹＳ、ＭＳＤＯＳ．ＳＹＳ、ＣＯＭＭＡＮＤ．ＣＯＭ、
ＡＵＴＯＥＸＥＣ．ＢＡＴ、ＣＯＮＦＩＧ．ＳＹＳの拡張子をＤＯＳにして、ＷＩＮ９５の起動ドライブに入れておく必要があります。（あとＡＵＴＯＥＸＥＣ．ＤＯＳとＣＯＮＦＩＧ．ＤＯＳで組み込むＤＥＶＩＣＥも）
こうすればＦＡＴ１６環境ならば問題なくＭＳ−ＤＯＳ６．２が使えるはずです。
実際ウチではこの方法でＤＯＳを使ってますから。（ＨＤＤに余裕が無いからなんですけどね(^^;;）
どうしても起動ドライブが設定できないようならこちらの方法も試してみて下さい。
また、ＤＯＳ環境の設定について聞きたいことがあったらメールを送って下さい。
参考までにウチの環境をお教えいたします。