もしかして、初代BXっスか？、他にIDE98とか付けてないですか？
IDE98を使わないと528MB(だったっけ？)以上は認識はできないはずです。
(初代IDE規格です＞PC-9801BX)
それと、記憶は定かではないですが、DOS5.0Aは１パーティションに１Ｇしか
確保できなかったと思います。(誰かフォローお願い)
DOS6.2以降では１パーティションで２ＧＢ確保できます(FAT32ではほぼ無限？)
98のBIOS制限(528MB)をとっぱらうソフトがあるみたいですが、IDE規格自体
転送速度が遅いので、できればIDE98を購入されることをお勧めします。