自動起動設定が、システムの在るブートディスクに設定されていないせいではないでしょうか？自動起動設定の項目を一度確認されてみては如何でしょうか？

電源だと思います。
電源容量が十分ではない場合、ＨＤＤはヘッド保護のためシークリセットを
行います。ＩＢＭのドライブだと「カシン」とヘッドの音が聞こえると思います。
起動時はデバイスのチェックなどのために結構たくさん電気を食います。
ためしにＣＤドライブを接続せずに起動してみてください。ちょっとは容量稼げます。

私は以前に似たような環境でＨＤＤのブートセクタを飛ばしました。

>ひばりさん
自動起動設定はしていません。ＨＤＤをつないでいないＰＣ−９８と同じ状態になります。
>Phantomさん
やっぱり、Ｋ６−III＋を６００ＭＨｚで動作させると、消費電力が激しいのでしょうか・・・。

Xv20/W位だと電源は200Wクラスの物だったと思います。（うろ覚え済みません。）一度、GAを外してチェックしてみるのはどうでしょうか？私もXa/Wシリーズですが結構色々付けたあげくHDDから異音がし始めたので電源を換えた口ですが。
確か「バンシー」は結構電源容量食いとのことですし、見る処PowerUPをなされているようですから。もしかするとGAを取るよりCPUを換えてみた方が判るかもしれませんが。
もし、電源からだとしたら、「デルタ電源」と交換するのが良いと思います。最近、安くなったようですし、300Wクラスの物と交換すればOKだと思います。

自分も同じような現象になったことがあリます。MASAXさんと同じような環境ですが、機種がXa10なのとN下駄＋K6-III（80*6で使用）です。自分の場合はK6-IIIに換装してからたびたび「システムディスクを入れて下さい。」となりましたが、このメッセージが出るときは、UIDE-66のBIOSスキャンでHDが認識されていませんでした。不安定の原因はセカンドキャッシュにあったようです。これを取り外してからは一度も上記のような現象は発生していません。MASAXさんの場合は、HDDは認識されているということなのでちょと状況は違いますが。

位相があっていない、もしくはCPUの冷却が足りないのでは・・・・

ＲＡＭの相性じゃないでしょうか？家のＸｔ（ＭＳ５００ですが。。）もときどきエラーが出てましたが、ＲＡＭを別のメーカの者に入れ替えたらエラーの出る症状は一切でなくなりました。もしかして、ＭＡＳＡＸさんは、９８カタログを紹介しているホームページの方ですか?

>ＣＤ−Ｒさん
そうです。９８パンフレットマガジンを公開しているサイトの管理者です。

で、ＣＤ−ＲとＤＶＤドライブを外したら、
現象が起きなくなったので、完全に電源のせいだと判断しました。
という事で、デルタの３００Ｗ電源（ＯＥＭ製）が安かったので交換しましたら、
ほぼ現象が起きなくなりました。なぜ、「ほぼ」かといいますと、
初回電源投入時は、全く問題無いのですが、
再起動によるリセット時に、たまにＵＩＤＥ−６６自体を認識せず、
同様の症状（ディスクをいれて）になる時があります。
もう電源の問題は無くなったはずですから、こちらは位相の問題なんですかね。
今は−１に設定しているんですが、地道に調整するしかないでしょうか・・・。

ベースクロックの倍数を変更してみてはどうでしょう？僕も同様の現象が起こってましたが、1.5倍から2倍に変更しただけで直りました。

その以前の構成が判りかねるので何とも言えませんが、VRMはデフォルトのままでしょうか？此を外した状態での動作は不安定になる事があるそうです。まぁ、元々CPUアクセラレーターをご使用なさっていたとすれば関係はないですが・・。とすると、地道に調整という感じになるんですかね。

VRMはデフォルトのままです。現在、位相を−３の状態で実験中です。
今のところ再起動時の問題は出ていません。このまま、安定してくれればいいのですが。
返信を下さった方々、ご助言ありがとうございました。