パーテーションの切り方は個人の自由でいいとは思いますが、私の場合は9.1GBのHDDを1.2GBと7.9GBに分けています。1.2GB(場合によっては1GB）のパーテーションにWindows98のシステムのみをいれて、アプリ・データ等はもう一つのパーテーションに入れています。
システムを分けて入れるというのは賛否両論あると思います。9.1GBを全部そのまま使ってもいいでしょう。
また、クラスタサイズの関係でパーテーションをうまく切り分けていらっしゃる方も多いでしょうね。この辺は識者の方のご意見を伺えると幸いです。

いずれにしてもご自分の用途に合わせて切り分けるといいでしょう。

クラスタギャップをとことんまで気にするなら、511MBのパーティションを山のように作っている人もいましたね…(^^;（大きくても2.1GBのHDDでしたが)

儂もシステムとアプリ、データを分けておくのは有効だと思います。
復旧が楽ですからね。

# あと、できればHDDは二つ以上を用意してスワップを固定してとるドライブを…(殴打)

データを別ドライブにするのは有効ですが、システムとアプリを分けるのは意味がないでしょう。インストール時にたくさんのファイルをWindowsフォルダにコピーするアプリが多いので、システムを再インストールしただけでは、アプリは使えるようにならない場合が多いです。

なおPC-98の場合のおすすめは、500MBくらいの領域を別にとっておき、ここに保守作業用のWindowsをインストールしておくことです。いろいろ役立ちます。この領域は、（ちょっともったいないですが）HDDの先頭に確保し、ふだんはスリープにしておくのが便利です。必要な場合は、あとのパーティションの切り方によらず、Ａドライブとして起動できますから。

＞511MBのパーティションを山のように
（汗
まあ一つは1023MBにしてますが、それで４つFAT16を確保し、残りの広大な領域はFAT32（ですがクラスタサイズ8KB）という使い方にしています。

＞システムとアプリを分けるのは意味がないでしょう。
＞インストール時にたくさんのファイルをWindowsフォルダにコピーするアプリが多いので、
＞システムを再インストールしただけでは、アプリは使えるようにならない場合が多いです。
確かにそうですが、意味が無いとは一概には言えないと思います。
レジストリに情報を登録せず、システムドライブにも別途ファイルを登録しないような
アプリは結構あり、そういったものはドライブを別にしておけばシステムの再インストール後
すぐに利用できるからです(フリーソフト系のゲーム・一部ツール(WCPUID等))。
＃フリーソフト系の細々とした物ほど、逆に再インストール時に配置しなおすのが
＃億劫だとなぜか思うみたいです(^^;;;。

また、レジストリに登録するアプリでも、今までのアプリ利用時に出来たアプリ固有の
カスタム設定ファイルの一部(全部は多分無理ですね…)等を引き継げる可能性が
有りますし、再セットアップ時に「前はどこにインストールしてたんだっけ」という際の
「指針」になると思います(殆どの場合同じ場所に上書きでも大丈夫ですし)。
レジストリに登録するかしないかでドライブを分けてインストールするのも
その内段々と億劫になってきますし……(^^;;;。

ただ、アプリによっては再セットアップ時に、前から残っているファイルが
トラブルの元になる可能性は無いわけではないので、そこら辺はケースバイケースですね。
＃私の場合、今まで幸いにしてそういうことは有りませんでしたが、
＃この辺りは多少調査や知識が必要だったりするのかもしれませんね。

なので個人的には、Windowsシステムに結びつきの強いアプリ以外を除いて、
ドライブ容量に余裕があれば、システムドライブは小さく(2GB位迄)して
あとはaya@lesquaさんが書かれたように別にアプリ用のドライブ、
更に別にユーザデータ用のドライブを用意するのがとりあえずは
いいのかなという考えです。
＃MS-Officeをどこに置くかが悩ましいところですね(笑)。
＃システムドライブはあんまり大きくしたくないし…。

＞PC-98の場合のおすすめは、500MBくらいの領域を別にとっておき、
＞ここに保守作業用のWindowsをインストールしておくことです。
これは私も便利だと思います(^^)。何か有ったときにわかりありがたみ、って奴ですね〜(^^;。

> ＞PC-98の場合のおすすめは、500MBくらいの領域を別にとっておき、
> ＞ここに保守作業用のWindowsをインストールしておくことです。
> これは私も便利だと思います(^^)。何か有ったときにわかりありがたみ、って奴ですね〜(^^;。

さらに、この500MB上のWinからLANでつながってるファイルサーバに接続して、他の領域をバックアップしておくといざというときに非常に便利ですねぇ(^^;
＃なんやかんやで所有HDD総容量が250GBに(激汗

起動用のドライブにはあまりインストールしたり頻繁に書き換えるデータを置かないようにして
アプリなどは別ドライブにインストール…というのはシステム安定上の効果があるのでしょうか？

WindowsフォルダやSYSTEMフォルダ。レジストリ、スワップファイルなど書き換えまくるので、DOSの頃ほどの顕著な効果は私はないと思います。
危険性としては頻繁に書きかえるドライブが2つになるので、逆に増える様な気もしないでもないです。

まあ、どんな切り方でも使用している本人がその切り方に対してメリットを感じていればそれが最良だと思うんですが。（当たり前じゃないかと言う声が聞こえてくるような・・・（＾＾；）

そんな訳で私は1ドライブです。
（2ドライブほどDOSの起動領域があるけど、6.2だからWin98ドライブは見えないけど・・・）

遅くなりましたが、参考になりました。システム領域が大きいほうが良いと思いこんでました。ありがとうございました。