うちの、PC-9821DA2てWin98は大丈夫でしたが、ＳＥは入れてないから判りません。
Ｗｉｎ９８でもほとんどメリット無いし、ましてやＳＥを入れても、それを生かせるハード
の使用が出来ないと思います。
９５か９８までにしておいた方が良いのでは。

ただ、Ｗｉｎ９８の場合、インストール中に、画面が乱れるので、Ｗｉｎ９５か３．１から
EGCN4.DRVというファイルを抜き出して、使用することになりますが。

確か、CONFIG.SYSを手動で書き換える必要があったような。

ＹＵさんの言う事。
CONFIG.SYS中のEXCACHE.EXEの順番だったかもしれません。
参考までに、うちのＤＡのドライブＡのＷｉｎ９５とドライブＤのＷｉｎ９８のです。

DEVICE=A:EXCACHEEX16MEM.SYS /MC bf1
device=A:WINDOWShimem.sys
device=A:WINDOWSEMM386.EXE RAM
devicehigh=A:WINDOWSkkcfunc.sys
FILES=40
DEVICE=A:EXCACHEEXCACHE.EXE /IW 32 /DD /WE

DEVICE=A:EXCACHEEX16MEM.SYS /MC bf1
device=D:WINDOWShimem.sys
DEVICE=A:EXCACHEEXCACHE.EXE /IW 32 /DD /WE
device=D:WINDOWSEMM386.EXE RAM
devicehigh=D:WINDOWSkkcfunc.sys
devicehigh=D:WINDOWShrtimer.sys
FILES=40

トップページから辿れる「PC-98問答集」(雷獣王GRIFFONさん)の
中に、同じ内容の記事がありますよ(^^)。
http://gw.room.ne.jp/~griffon/pc98/qna/text_block/win98.31.qna.html
＃記事の方は「DA」が「DX」と、ちょっと間違っているみたいですが…(^^;。

又、EUD-HPとEUD-Hでキャッシュコントローラー(の名前)が違います。

わし さん、Ｃバス機は複数のアクセラレータが入れられるので、ＰＣ−９８０１−Ｂ３ボードをスロットに入れておけば、セーフモードも問題ないです.私は、ＷＳＮ−ＤＸ４とＰＣ−９８０１−Ｂ３ボードの２枚のＧＡをスロットにさして使ってます.ドライバは、ＷＧＮのだけをインストールしてます。

DEN_EIさん、どうも。
やっぱ、順番を変更しないと駄目なのでしたね。
以前やった事なのにすっかり忘れておりました。

CD-Rさん、もう１枚Ｃバスに入れる余地がありませんし。
EGCN4.DRVですが、Ｗｉｎ９５の、Windowssystem　からコピーして、保存しておいて、
Ｗｉｎ９８のインストール途中で画面が乱れたら、リセットでもかけて、ＤＯＳモードから
でも、Win98のWindowssystem　にコピーすれば、その後のセットアップが続行できます。
セーフモードもそれでＯＫだったはずです。

メルコのハイパーメモリーＣＰＵをＦＡＴ３２をサポートするようなＯＳで使うときは、確か
ＨＩＭＥＭ．ＳＹＳの前にキャッシュコントローラとハイパーメモリーＣＰＵのメモリーを先に認識させないと上手く動いてくれなかったように思います。（うちのＡｐではそうでした。）
今は、Ｒａ２０なんで、今は昔の知識であやふやな部分が殆どですが…

インストール中は96ボードを使い、インストール終了後egcn4.drvをWin95のものに置き換えてから、GAを交換すると良いと思われます。