PC/AT互換機のハードディスクの読み書きができるのはPC-98のWindows上です
MS-DOS 5.0A-Hなら無理です
diskinitもありませんので、format.exeを使ってください

記憶違いかもしれませんが・・・
DOS 5.0AHならformatコマンドでドライブを指定せずにリターンすると、メニューが出ます。　この中の「初期化」でdiskintと同様の事が出来たと思います（以前にAT機で使用していた1.7GBのHDを処理した事があります)。
　更に、メニューの「領域確保」で通常のformatになると思います。
尚、呼び出されるhdformat.exeがパスの通ったところにないと駄目です(hdformat.exe自体は単独では起動できなかったかも？)。

＞ＡＴのＦＡＴ１６のハードディスクを９８につないだ場合に読めることがあると聞いたのですが
これは多分SCSIのHDDの場合じゃないでしょうか。
起動ドライブにはできませんがたしかDOSでもASPIマネージャ経由で読み書き出来たような気がします。

過去ログでPC-98**のWindows95/98上からなら、IDE/SCSIに関係なく”殆どの場合”AT機で使用していたHDをそのまま読み書き可と言うのを読んだ事あります。
私自身はAT機で外付けSCSI-HD(AT機でformat)にデータを書き、PC-98に接続して読み書きは実際にやっていますが、IDEではやった事はないです。　本当のところはどうなでしょうか？

＞ＡＴのＦＡＴ１６のハードディスクを９８につないだ場合に読めることがあると聞いたのですが
PC-98**側がFAT32をサポートしたWindows95 OSR2以降であれば、AT機 FAT32-format HDも読み書き出来ると思います(以下のHPの話はSCSI-HDだけなのかIDEも可なのか？？？)。
http://www.microstaff.co.jp/foruser/dosv_hdd_pc98/

参考までにIDEHDDにて。
AT互換機・Win95・FAT16はPC-98・Win95OSR2で認識し、読み書きともに可能でした。
AT互換機・Win98SE・FAT32はPC-98・Win95OSR2では認識しない。FDISKで領域の確保していない状態として認識。
AT互換機・Win98SE・FAT32はPC-98・Win98では認識しない。FDISKで領域の確保していない状態として認識。
PC-98・Win98・FAT32はAT互換機・Win98SEでは認識しない。FDISKで領域が3%確保された状態として認識。
これが私が行った中での結果です。

ＡＴフォーマットのHDDをPC-98のWindows95/98からアクセスできるという話は、IDE/SCSIのいかんによりません。ただしBIOSからは認識されないので、起動ドライブにはできません（CD-ROMや、PCカード接続のHDDみたいなもの）。ドライブ名の割付も、ＦＤより後になります。
またSCSIの場合は特定のSCSIボード接続の状態で、DOS上でも付属のASPIドライバによって認識できる場合があります。

＞AT互換機・Win98SE・FAT32はPC-98・Win98では認識しない。FDISKで領域の確保していない状態として認識。
そんなはずはないと思ってテストした結果を示します。
普段使っているＡＴ互換機のＨＤは4.3GBで、2G(FAT32)＋2G(FAT16)に分けています。さる方法で、両方とも基本領域にしてあります。ＯＳはWin98（SEでない）。
これをPC-98Xa13/W（Win98SE）につなぎました。ドライブは次のように認識されました。

13GB(UIDEプライマリマスタ)：C(2G:FAT32)＋D(2G:FAT16)＋E(700M:FAT16)
400M（本体IDE）:F(1M)＋G(1M)＋H(400M)
問題の4GB(UIDEセカンダリマスタ）:J(2G)＋K(2G)

ＡＴ互換機のFAT32領域も、Ｊドライブとしてアクセスできました（ただし98上でfdiskしたときに見える領域情報には不正な点があります）。罪と罰 さん　の環境とは、Win98がSEであるかどうかが多少違いますが、本質的な違いはないと思います。「認識しない」理由は、何は別の所にあるのではないでしょうか？　あるいはfdiskで調べただけで実際にアクセスしてみなかったとか．．．。

なお私の環境ではdrvasn98を当てているので、上記のドライブ割付には普通でない点があります。また、Iドライブとしてアクセスできない領域ができています。その原因は不明ですが、昔98で使っていたときのパーティションの残骸かもしれません。ＡＴフォーマットのHDDを98に接続すると、ときにこのような変なドライブが見えることがあります。この点で、この状態を常用するには、こわい点はあります。

＞かばさん
AT互換機・Win95・FAT16はPC-98・Win95OSR2の時は2.1GBのHDDで内蔵IDEにプライマリスレーブ接続。
AT互換機・Win98SE・FAT32はPC-98・Win95OSR2の時は4.3GBのHDDで内蔵IDEにプライマリスレーブ接続。
AT互換機・Win98SE・FAT32はPC-98・Win98の時は、15GBのHDDでUIDE-66にプライマリスレーブ接続。
PC-98・Win98・FAT32はAT互換機・Win98SEの時は、15GBのHDDでUIDE-66にプライマリスレーブで接続。
というふうになっておりました。
そしてAT互換機・Win95・FAT16はPC-98・Win95OSR2で認識した時には、普通に2番目のHDDのBドライブとして認識しおりました。（その状態で約1年ほど使用しておりました）
いろいろな環境があるのでそれによって結果が変わってくるのかもしれませんね。

どうもお返事ありがとうございます＞みなさま
formatコマンドで初期化や領域の開放をしようと思ったのですが、それすら受け付けないのです。(初期化をすると読みに行ったままフリーズ)

バルクの同型のディスクを２つ買って、片方をＡＴ、片方を98で使っていまして、今回ＡＴにつけていたものも98へ持ってきたのです。
ですから同型ドライブの動作は確認されているので、ドライブの問題ではないと思います。
やはり問題点はMBRですかね？ だったらＤＩＳＫＩＮＩＴできれば問題無いんでしょうけど。。。

Win95は少々辛い機種なので、DOSで使っていきたいのですが、ＤＩＳＫＩＮＩＴはDOS6からあるとの噂に聞いたのですが、ほんとでしょか？
それだったらDOS６に入れ替えることでDISKINIT使えて万事解決っぽいところです。
その手のフリーソフトが無いかベクターで探してみたのですが、らしきものは見当たらず…

前にも書きましたが、管理領域にゴミが残っていると、PC-98で読めないHDDができます。
一度でもPC-98でフォーマットしたことのあるHDDをAT互換機に転用して、そのあとでPC-98からもアクセスしたい場合には、必ずATでフォーマットする前にPC-98ですべての領域を開放しなくてはなりません。

あと、システムコマンダーなどが入っていると、PC-98で読めなくなることもあります。

>初期化をすると読みに行ったままフリーズ
的はずれだろうとは思いますが、ちょっと気になるので書きます。
初期化している時はメニューの一番下の行に”初期化しています”とだけ表示されて進行状態は何も表示されません。　HDアクセスランプは点灯したまま・・・見た目にはまさにフリーズ状態になります。　しかも通常のformatなどのように短時間では終了しません・・・恐ろしく時間を要します。
お恥ずかしいながら、私はAT機の2GBIDE-HDをDOS 5.0AHのformatコマンドメニューから初期化した時に、何年かぶりでやった事と、その前は100MB程度のHDでの経験しかなかった事から、「フリーズしている」と勘違いして何度もやり直してしまいました。
　

罪と罰さんへ
＞いろいろな環境があるのでそれによって結果が変わってくるのかもしれませんね
とのことですが、私も今まで、本体内蔵IDE、UIDE、SCSI、FAT16、FAT32、...と、いろいろな接続形態をテストしてきました。しかし上に書いた結論に反するケースは、ただの一度もありませんでした。少し前にこの掲示板で、ATフォーマットHDDのPC-98接続における認識状況の情報を募集したのですが、そのときにも反例はありませんでした。

＞2.1GB（AT互換機・Win95・FAT16）をPC-98・Win95OSR2の内蔵IDEにプライマリスレーブ接続→Bドライブとして認識
＞4.3GB（AT互換機・Win98SE・FAT32）をPC-98・Win95OSR2の内蔵IDEにプライマリスレーブ接続→認識しない
＞15GB（AT互換機・Win98SE・FAT32）をPC-98・Win98のUIDE-66にプライマリスレーブ→認識しない

というのは、どれも私の今までの理解に反します。そのどれでもいいですが、いま再現テストを行える環境はありませんか？　もしあれば、スレッドを改めて結果を報告してはいただけないでしょうか（もともとの質問の趣旨とはややずれてきましたので）

ろっちさんへ
OS9さんのおっしゃるように、「装置の初期化」にはかなりの長時間を要します。しかし、HDDがこわれてしまったために「装置の初期化」がいつまでも終わらないという場合も、もちろんあります。
なお、DOS6にもdiskinitはありません。DOS5と同様に、formatメニューの「装置の初期化」を利用します。『Windows95/98のdiskinit』＝『DOS5/6のformatの「装置の初期化」』と考えて、ほぼよろしいかと思います（厳密に見ると違いがありますが）。

なんだか情報が混乱しているようですが、以下のことは言えます。
1. PC/AT互換機でFDISKしてFAT16,FAT32で領域確保したハードディスクをPC-9821に持って来た場合、MBRの内容が不正に実行されるためにマシンが起動できない場合がある。
2. 運良くMS-DOS(モード)が起動できた場合、Windows9xのGUIが起動したあとには、既存のドライブレターの後にPC/ATのハードディスクのFATパーティションにドライブレターが割り当てられ、読み書きできるようになる。
3. PC/AT互換機でFDISKしたハードディスクをPC-9821に持って来た場合、FDISKで正しい情報を見ることはできない。そのままFDISKを続行すると大変危険である。相当以前に98パーティションを作成していた場合にFDISKから領域らしきものが見えることがあるが、その実体は既に存在しない。決してFDISKを続行してはならない。

4. 逆にPC-9821上で領域確保したドライブをPC/AT互換機に繋いだ場合、Windows9xのGUIが起動してもドライブは見えるようにはならない。FDISKでは不正な情報しか返さず、続行すると大変危険なことになる。

ともかく、完全消去してよいのでなければ、異機種にもちこんだディスクドライブに対してFDISKを使ってはいけません。また、そもそもの領域情報が、異機種のシステムでは不正なのですから、完全に消去ができない場合もあります。

ところで、下記のソフトを使うと、PC-9821でFAT16を１パーティションだけ確保してあるディスクを、データの移動なしにPC/ATのWindows9xのGUIで使用できるようになります（9821上で元に戻すこともできます）。このフォーマットは9821でもATでもない、スーパーフロッピーフォーマットと呼ばれる、互換性の高い（リムーバブルディスク用の）フォーマットです。
http://homepage1.nifty.com/marimono/software/sfd98cnv.lzh

あ、言い忘れましたが、上に書いたのは「起動できた場合」の話です。
まりもさんのおっしゃるように、起動できない場合もあるそうです（私にはその経験はありませんが）。
ろっちさんの場合は、起動時にハングしたわけではないんですよね。

MBRのメインIPLコードが実行されなければ、起動失敗ということはありません。メインIPLの読み込みは、通常は、 IDE#1→IDE#2→SCSI若いID順に行われるので、PC/ATに繋いだドライブがIDE#1でない場合は、まずシステムは起動できます。これも、「メモリスイッチ」でBOOT装置を「SCSI固定ディスク」に設定していれば回避できます。

fdisk /mbr すれば使えませんか？
4GBまでならAT/PC98関係なく使えると思うんですが・・・
見当違いならごめんなさい

FDISK /MBRが98側で有効なのは、Windows98のFDISKを使った場合に限ります。Win95ではダメです。しかもMBRオプションだと、起動優先順位先頭の装置に対して実行されてしまいます。
FDISK /CMBR 数字(起動優先順位)
というオプションが必要になります。すでに書いたように、繋ぐとまったく起動できない状態では、Windows98のFDISK /CMBR も使えないので、起動優先順位を変更する（IDEならば、別の98起動できるやつを前に繋ぐようにする）などしてなんとかする必要があります。あと、この問題はMBR内容の問題なのであって、容量のことはまったく別の問題です。

って、↑は、「PC/ATに繋いでいたHDDのデータはすべて破棄して9821で新たに使い始める」場合の話です。PC/ATで繋いでいた内容を保持したい場合、とにかくFDISKをいじってはいけません。