> これだとＣＤ２ＷＡＶがＣＤ−ＲＯＭを認識せずに使えず
> 音楽ＣＤから曲を吸い出せません・・・。
> ＣＤ−ＲＯＭに付属のソフトも使えません・・・。
↓CDex(日本語版)あたりではどうですかね？
http://mory.virtualave.net/jpatch/
英語版というか大元は↓ここ
http://mory.virtualave.net/jpatch/
それが無理ならば、最悪アナログ取り込みでしょうか…。

手っ取り早い方法はIDEの方につなぎ換える、でしょうか。
そもそも吸い出しソフトでSDAT化したCD-ROMドライブを想定しているものがあるというのは考えにくいですし。
私も以前同じ事をやろうとして轟沈したので、現在は標準IDEにCD-ROMドライブをつけています。
おそらく標準IDE接続でもCDV-AB40TEならばノイズが入ったりはしないと思います。
私はCDV-AB32Tを標準IDE接続で使っていますがノイズは全く入りません。

　その昔I-O DATAからでていた6連装ドライブ(内蔵用はATAPIで外付用はSCSIタイプの
もので外付用のSCSIも内部用ATAPIドライブにSCIDEとかいうなんちゃってSCSI基板が
入っているので方式としてはSDATと似たものと思います)を外付用のものを当時
PC-9821Xa12/C8+PC-9821X02L(でした? ADAPTEC互換の純正SCSI)にて使用して
いましたが、最初は読み出しができませんでした。
　しかしCD2WAV32の 設定 の CD-ROM のタブの 読み出しコマンド/APIの設定 を
ATAPI CD-ROM読み出しコマンド にすると読み出すことができました。
　ただしSDATのスレーブにCD-ROMを接続しているかと思いますので、CD2WAV32の
設定 の CD-ROM のタブの 使用するデバイス の一覧に接続されているCD-ROMドライブが
表示されていない場合でしたら、この回答は外しています。

同じIDのLUN1になるからでは？＞認識しない
たぶんマスターをCD-ROM(LUN0)スレーブをHDD(LUN1)にすれば設定次第で読み出せるはず
HDDからブート＆DOSでの利用ができませんけど(＾＾；；

AEC-7720U(UWでなくてUの方、IDE SCSI 変換ボード)追加して
AEC-7720U+HDD or CD-ROM として別のSCSI IDにすれば使えると思うけど・・・コストかかりますね
あきらめて残酷な熾天使 さんがおっしゃられているように本体IDEを使う方法がいいですね