Windows98を外付けHDDにインストールするときに、内蔵HDDを切り離して
いた・・・すなわち、インストール時には外付けがAドライブだったのに
起動時には内蔵A、外付けBとなってしまっている、ような気がします。
ということで、内蔵HDDを接続していても、起動時に無理矢理外付けがA、
内蔵がBと認識されるように・・・ここはやはりまりも先生のdrvasn98を
使いますか。

外付けのHDDのWin98を起動しようとして内蔵I/FのWin95が起動してしまうのは外付けにWin98インストール時にA:としてインストールした為です。
外付けと内蔵でデュアル環境を作るなら内蔵I/FにA:としてWin95を入れ、外付けにはB:(外付けHDDがB:として認識しているならという事でC:ならC:に)としてWin98をインストールすれば98の特徴である起動メニューで起動するOSを選択出来るようになります。
デュアル環境になっているのに自動でWin95が起動してしまうなら起動時にTABキーを押していれば選択メニューが出ます。

外付けHDDのWindows98が起動できないのは、外付けHDDにWindows98をセットアップするとき内蔵HDDをはずしてセットアップしたため、そのWindows98が「そのドライブがＡドライブであるときに正しく作動する」ようになっているためです。内蔵HDDを接続すると、内蔵HDD＝Ａ、外付けHDD＝Ｂとなる（領域分けされていない場合）ので、外付けHDDのWindows98を起動することができません。
現状をもとにして考えると、Azo さんのコメントにあるように、
(1)外付けHDDのWindows98にdrvasn98をあてて、ドライブ名の割付を変更
というのが一番簡単です。この場合パッチのあたったWindows98を起動すると、ドライブ名が変更されて、外付け＝Ａ、内蔵＝Ｂとなるので、正しく外付けHDDのWindows98を起動することができます。

(2)内蔵HDDをつないだまま、外付けHDDにWindows98をインストールし直す
という方法もあります。この場合は、内蔵HDDから起動したときと同様に、Windows98のドライブがＢになります。
なお内蔵HDDのWindows95が生きている状態でWindows98をセットアップするには、「フルパッケージ版Windows98」の場合であっても、外付けHDDから起動してsetup.exeを実行しなければなりません（インストールＦＤで起動してのセットアップはできない）。

そんなあなたにDRVASN98
http://homepage1.nifty.com/marimono/
↑からダウンロードできます

皆さん、いろいろと対処方法アドバイスいただき、ありがとうございます。
ちょっと、外出していたため、書き込みが遅くなりました。
さて、WIN98のインストール方法は、内臓HDDは切り離しておらず（CEREB付属のバックアップディスクからWIN95をインストールしたため、98CHECKがかかっており、切り離してインストールできなかっため。なお、内臓HDDは、98インスタントTVを使いたかったため、FAT16のままとし、A:、B:です。）、外付けHDDであるC:にWIN95をバックアップインストールし、その後、UPGRADEによりWIN98としたものです。
クリーンインストールした場合、９８ＴＶが使用できなくなるため、あえてこの方法によっています。
ちなみに、最初に提示した９８セットアップメニューでは、「起動モード」を「グラフィック起動モード」とすると、内臓HDDが主導し、WIN95が立ち上がり、「テキスト起動モード」にすると、先ほど述べたとおり、最初外付けHDDによりWIN98が立ち上がり、最終的に内臓HDDが働き、いつのまにかWIN95となるものです。
起動時にTABキーを押しても、HDD起動メニューが出てきて、外付けHDDを自動起動するよう指定しても、芳しくありません。

ご指摘のありました、DRVASN98とは、どのようなソフトなのでしょうか？ドライブ名を変更して、好みのHDDから起動できるようにするものみたいですが（私からすれば、正に夢のようなソフトです。）、これをパッチした場合、98インスタントTVがうまく起動できるのでしょうか。この点、おわかりになれば、是非、再度アドバイス願います。

あっ、Win98はUPGRADE用ですか・・・話がグレーゾーンに入ってきたようですので、
私は（無責任ながら）退散させていただきます(^^;

バックアップインストールでは、どのドライブを指定しても「そのドライブがＡドライブであるときに正しく作動する」ようにインストールされます。内蔵HDDをはずしてインストールした場合と同様です。

プリインストールソフトをWin98上でも使いたいのなら、おそらくこの方法で良いと思います。あとはdrvasn98を使って、外付けHDDがＡとなるようにすればＯＫです。drvasn98は、まりもさんのページ
http://homepage1.nifty.com/marimono/opening.html
にあります。好みのドライブ名をつけられるわけではありませんが、いまの場合はSCSI優先でドライブ名をつける機能が役に立ちます。
98インスタントTVについては、CEREBをもっていないのでよくわかりません。Windows起動後に起動させる普通のソフトなら問題ありませんが、自動的にPCを起動させる機能のようなものだと、たぶんダメです。その種のものは、内蔵HDDからでないと起動できないものが多く、また起動できるとしても、内蔵のつながれている環境では内蔵の方が起動してしまうでしょう。
「起動モード」を云々の件は、私も初耳でよくわかりません。「起動モード」とはどうやって指定するものなのでしょう。CEREB特有の機能ですか？

なおAzo さんは、UPGRADE版Win98ともとのWin95を同一PC上にインストールすることを心配しておられますが、それは技術的にもライセンス上も問題ありません。ライセンスの問題は、マイクロソフトに文書で問い合わせてお墨付きをもらっています。

DRVASN98はBlackBoxさんが書いてくださったリンク先からダウンロードできるので、ダウンロードして試してみるのがいいと思います。

98インスタントTVはリモコンでの起動ですよね？
であれば内蔵I/Fに付属のWin95をインストールしておけば使用可能です。
外付けのWin98に98インスタントTVが入っている必要はありませんよ。
(注)、Ct16ではそうなっているけどCEREBでは違うかも(汗)

私のCt16では内蔵I/FのHDDの内容を外付けのHDDにコピーし内蔵をスリープにして外付けをA:とした時では98インスタントTVは正常に起動しませんでした。
環境としては内蔵にWin95(98インスタントTV用)として外付けにWin98SE(クリーンインストール)をして使っていますが、、上記紹介のソフトを使えばプレインストールしてあるソフトも使えるようですね。

起動モードはCanBeからの機能ですが、テキスト起動モードでも98インスタントTVには影響ないです。

ＡＺＯさん、かばさん、BlackBoxさん、tamboさん、アドバイスありがとうございました。
早速、DRVASN98を入れてみました。結果は、アドバイスどおり良好でした。ありがとうございます。
それから、「起動モード」というのは、多分、CEREB特有の機能で、電源オン後、「テキストモード」時のピポッという音（これが一般的な音と思われますが。）ではなく、チャイムのような音とともに、ディスプレイにCEREBの文字が画面中央に現れるモードをいいます。起動モードをテキストモードにし、DRVASN98を施した後に起動したら、私の要望どおり、外付けHDDによるWIN98が起動しました。本当に、有難いアドバイスをいただきありがとうございました。皆さん、感謝いたします。
ちなみに、グラフィック起動モードにした場合は、内蔵（先程まで、変換間違いで内臓と書いていました。HI!）HDDからWIN95が起動しますが、これはかえってよかったと思っております。
インスタントＴＶの件については、WIN95起動終了後であれば、DRVASN98を入れる前と同様、きちんと動いております。
ライセンス問題については、何も考えていませんでしたが、この点もクリアしてるとのことでほっとしております。

ＣドライブのＷｉｎｄｏｗｓ98のMSDOS.SYSと、AUTOEXEC.BATの、内容を確認してみてください

もしかしたら、ＷＩＮＤＯＷＳの、PATHが、A:に通っているだけかもしれません

あと、ＷＩＮＤＯＷＳ９８と、インスタントテレビを使用したい
９５は、インスタントテレビがらみで必要？
ということなら、ＷＩＮＤＯＷＳ９８を、FAT１６で、Ａドライブにインストール
98テレビのチャンネル設定ファイルのバックアップと
アプリケーションインストールＦＤがあれば、
ＷＩＮＤＯＷＳ98と、インスタントテレビを同時に使用できます

いらない機能を省いていった結果一時
ＣＸ３にＷＩＮＤＯＷＳ98をいれ、インスタントテレビも使用していました

現在は、ＭＳ−ＤＯＳ５．０Ａ−Ｈ　＋　インスタントテレビで、
サブ機（ＡＴ互換機）の作業用モニター（ＴＶ出力＋インスタントテレビ）に成っています

詳しいやり方はこれから、作業に使用したＦＤを調べて見ますが、
かなり説明が長くなるので、必要ならメールください
知りたい希望者が大勢いれば、ここに書きますが、
ファイル名の羅列になるので、やめた方が良いのかと思います