内蔵ＨＤをきりはなさない（バイオスできってもＯＫ）
とＨＤからＢＯＯＴできないと思います。
わたしもＶ13（タワー型）でＳＣＳＩＨＤだけつないで、ＷＩＮ98の製品版
のＦＤからインストしてます。そのあと内蔵ＩＤＥから立ち上げて外付けに
データ送りました。というか、ＨＥＬＰ押してたちあげると、切り離しが
できるので、どっちもインストしほうが便利ですよ。

PC-98は内蔵のハードディスクからドライブ番号を付け始めるので、
システムセットアップメニューで「内蔵固定ディスクを使用しない」に設定しないと、
いけないと思います。そうなれば当然内蔵のHDDは使えなくなります。

内蔵HDDを切り離さなくてもSCSI-BIOSを無効にしていなければ外付SCSI HDDからの起動は可能です。
ただ付属のセットアップディスクからの場合、機種によってはテクニックが必要になってくる場合があるようです。

基本的に「外付HDDにシステム転送」->「TABキーで外付HDDから起動」->「Win98のセットアップ」で良いと思います。

ドライブ名は必ず内蔵HDD→外付けHDDの順番に付きますから、内蔵HDDがA:ドライブなら、外付けSCSI-HDDはB:ドライブ以降になってしまいますが、PC-98シリーズは、どのドライブからも起動できますし、どのドライブにでもWindowsをインストールすることが可能です。内蔵HDDを切り離す必要はありません。
あと、ドライブの順番を外付け優先に変更するフリーソフトもあります。

あのーお聞きしたいのですが、1つ目の外付けＨＤをＣとしてWIN98をインスト
してるのですが、どうしたら内蔵IDEのHD（切り離さない）も同時に立ち上げれ
るのでしょうか？
私の環境だと、切り離さないで立ち上げるとかってに内蔵から立ち上がります。
ということは外付けHDにWIN98をいれたあと、内蔵IDEのHDをFORMATしたら
いけるのでしょうか？お願いします。

こちらを参考にして下さい。内蔵HDDは外しても構いませんし、残しても構いません。
http://homepage1.nifty.com/marimono/　にある DRVASN98関連記事

こんな便利なものがあるんですね（＾０＾）
今落としてきました。どうもありがとうございました。
明日試してみまっす

gooさんの場合起動メニューが出ていない状態のようなので、起動時にTABキーを押して起動選択メニューを表示させて内蔵HDDに付いているチェックを外すと、次回起動時より起動選択メニューで起動するHDDを選択できるようになるはずです。
起動メニューから外付けHDDを選択しているのに内蔵HDDから立ち上がってしまう場合は外付けHDDを内蔵HDDと同じドライブとして(例、内蔵A:外付けもA:)Winをインストールしてしまっているので、内蔵HDDがドライブとして認識できる状態で、外付けHDDのインストールしたい領域からOSを立ち上げてセットアップを実行すれば、内蔵HDD(A:B:)外付けHDD(C:)となってCドライブからも起動できるようになります。
この場合内蔵HDDが無くなれば外付けHDDはAドライブとなってしまうので、Cドライブとしてしか起動できない設定でWinがインストールされているので、そのままでは起動出来なくなってしまいます。

　「ブート可」の領域が一つしかないと、起動メニューが出ませんが、その可能性が高いような？(^^;。

みなさん、ありがとうございました。
出来そうなので早速やってみます。

ブート可が、一つなら、ほかのドライブから起動できませんから、それは無いですよ。

　その、「他のドライブ」のほうにのみ、ブート可がある場合にはそうなるという意味です。