そもそもEIF-98SWが結構古めのバスマスタボードってところが引っかかるんですが。
IRQの衝突とかありませんか?HELP+リセットキーで表示されるシステムセットアップメニューの中にある16Mシステム空間は「使用する」になってますか?gooでEIF-98SWで検索をかけると以下のようなページがでてきました。
http://www.win.or.jp/~miyabi/dip.htm#8このなかにEIF-98SWがありますので、それを参考にしてIRQなどをきちんと設定してみてもだめでしょうか?IRQ番号とINT番号との対応表はV200に付属しているマニュアル等に書かれているはずです。
それと、単純にFORMAT/Sでシステム転送してから起動確認してみましたか?
なぜ/Sなしではだめなのでしょう?/Sしてから、SYSコマンドで上書きするのではだめなのでしょうか?