あ、下のスレッドに書いてしまった(^^;
も一回書きますと…。
要は、フォーマット時に基本で取ったか、拡張で取ったかで変わります。
基本で取った場合はFDより前にきます。これは、９８もフォーマット時は基本領域でやってるからです（厳密に言えばちがうかも？(^^;)
拡張で取った場合、FDより後にきます。これは、９８に拡張領域という考えない為？と思われます。
ちなみに、AT機は基本領域−＞拡張領域の順にドライブレターが割り当てられますので、HDD増設後、増設側に基本領域を作るとドライブレターがずれてトラブルの原因になったりします(^^;)

そうですか？
今、私の手元にあるＡＴフォーマットのＨＤにはNT4.0のシステムが入っていて、当然基本領域で領域確保されています。念のためWin95の起動ＦＤで起動してfdiskで確認しました。拡張領域は取っていません。
これを９８（V12＋内蔵800M）のセカンダリマスタ（もともとCD-ROMのあった場所）につないでWin95を起動すると
　内蔵ＨＤ：A,B
　ＦＤ：C
　問題のHD：D
となりますが...。

9821のWindowsのMS-DOSモード起動時に認識されていないドライブは、必ずその時点で認識されているドライブ(FDDも)より後に来ます。闇猫 さんが書かれていることは、意味が違う物を指しているのか、あるいは、MS-DOSモード時にFDDを認識してないというおかしな状態のまま使っているのではと思います。

全く関係ないのかもしれませんが。Ｘａ１０＋ＵＩＤＥ−９８Ｍの環境で
プライマリ　マスターＨＤＤ　Ａ，Ｂ，Ｃ（ＷＩＮ９８　ＦＡＴ３２）
　　　　　　スレーブＨＤＤ　Ｄ，Ｅ，Ｆ，Ｇ（ＷＩＮ９８　ＦＡＴ３２）
　　　　　　　　　　　　　　Ｊ、Ｋ（ＤＯＳ６．２　ＦＡＴ１６）
　　　　　　スレーブは、１台のＨＤＤを６分割して使用しています。
　　　　　　ＦＤＤ　Ｈ、ＭＯ　Ｉとなっています。
以前に、スレーブのドライブを４分割しかしていないときは、全部ＦＤＤの前にきていたので分割が４つを越えたためＭＳ−ＤＯＳモードで認識されないためかと思っていましたが、どうなのでしょうか？ちなみに、ＦＡＴ１６から起動するとＪ，Ｋ→Ａ，Ｂとなります。　　　　　　　　　　　　

スレーブＨＤＤ（これはATフォーマットというわけではありませんよね）に６個の領域を取っていますが、通常では４個までしかアクティブにできないはずです。５個目以降は何か特別なドライバによって認識させているのではないかと思います。
そのような場合は、Windows起動後に認識されるということで、FDより後のドライブ名が割り振られるのだと思います。

＞今、実際にＡＴフォーマットのＨＤをPC-98につないでいらっしゃる方、
＞そのドライブ名がどうなっているか、書き込んでいただけませんか。
＞機器構成なども簡単に書いていただけると幸いです。

ということですので、
手元に新品のIBM DTLA307030があったのでPC9821Xa16/W+UIDE66で試してみました。
まず、AT互換機に接続し、基本領域を2G(FAT16)、拡張領域を2G(FAT16)・25G(FAT32)としてFDISKで領域確保後、再起動してFORMATする。
HDDを取り外してXa16/W+UIDE66のプライマリスレイブ（マスタもDTLA307030^^）に。
起動すると、UIDE66のBIOS画面でDTLA307030が二つ。
HD起動メニューではHDD2は何も領域が確保されていないように見える。
Windowsを起動中、f8を押して出したdosプロンプトではHDD2は全く見えない。
Windows98起動後、マイコンピュータを見ると、
HDD1(A-D:、G-H:←まりもさんのツール使用）、FDD(E:)、RAMDISK(F:)、
HDD2(I-K:）となります。
他に以前98で使っていて現在互換機に入っているIBM DTTA371010でも試してみました。
互換機で使う際にFDISK /MBRをしています。
やはりHDD2はI:(基本領域2G)、J:(拡張領域6G)、K:(拡張領域1G)、
L:(基本領域580M,MBMというツールで確保)となっています。

すみません。僕が間違えていたようです。
ご迷惑をおかけしました。
かなり前の事でしたので、当方勘違いをしていたようです。
今は、ＵＩＤＥ持っていませんので、確認できなくてすみません。
ＳＣＳＩ変換を挟んでしまいましたので・・・。xa9からxt16に変えた為です。

s-matsu さん、ご報告ありがとうございます。
この結果は、私のいままでの考え（まりもさんのコメントも同じ）で完全に理解できますね。