とりあえず、答えじゃないんですが。
プレクスターPX-40TSi(内蔵型トレイモデル)を使ってます。
単品で買って、I/Oの古いCD-ROMのケースに入れ替えて使ってます。
で、CD無しで起動時の音は、仕様だと思います。
うちでも出ますし、パナソニックのドライブでも出ます。
これについては、気にする事はないかと。
あと気になったのが、PX40TSiのマニュアルの注意として、
「WideSCSIのSCSIインターフェースボードに変換ケーブルを使って接続する場合は、
本装置は物理的に一番最後に接続して下さい。」とのこと?
たぶん関係ないとは思いますが、念のため。

ＴｒｕｅＦｉｅｌｄさん、レス有り難う御座います。
＞で、CD無しで起動時の音は、仕様だと思います。
成る程、本体の仕様と言う事ですね。噂ではかなり静かだと聞いていたので思いこみと言う事ですね。
＞WideSCSIのSCSIインターフェースボードに変換ケーブルを使って接続する場合は、
本装置は物理的に一番最後に接続して下さい。」とのこと?

偶然と言う訳ではないですが、CDROMは一番最後に接続しています。（内蔵では）
で、一応手持ちのCDで総当たりをしてみました。
O.O.H99MOVE・・OK　痕OP/OK　TWINWAYOP/OK　TSLOP／OK　PureMailOP／NO　音楽CD/カウンター部不調？　YsIIOP／OK
とこんな具合になりました。まだ、他の物では試してないですが一番飛ぶのがPureMailの様ですが、以前のパイオニアの時はそんな事は無かった様にも思うのですが、気のせいという事でしょうか？
＞又、EasyCDクリエイター4.0でCDシステムを見てみると「バッファメモリー」が０KBと表示されています。
此は変わらないです。CDROMのバッファは表示できないんですかね？（CD−RWのバッファは表示されます。）其れとも、ラィティング・ソフトがこのドライブの仕様を持っていないので正確に表示されないという事でしょうか？
もし、キャシュが効いているかどうか調べる（もしくは切れていたらONに出来る）様なソフトは有るんでしょうか？以前Ｏｈ！PCでそんな感じのフリー・ソフトが紹介されていたような気もしたので探してみたのですが、名前が判らなかったので検索が旨くできませんでした。
もし、その様なソフトがフリーでありましたらお手数と思いますがお教え下さい。

追記報告です。やはり、以前のCDROMの方が、へたりつつもちゃんと再生できるようです。（少しだけ引っかかる時もありますが。）うーん、外れかな？

プレクスターのCDドライブは3台（20倍速、32倍速、40倍速）、
パイオニアのスロットインのドライブ（32倍速と36倍速）は2台所有しているので、自分なりの感想です。パイオニアのドライブはうるさいと思いますが。

プレクスターの起動時におけるドライブ音は仕様です。私はシュッと聞こえていました。
起動時、トレイの開け閉めでもしました。
自分もIOデーターのプレクスター40倍速ドライブを購入しました。これはファームウェアが1.10と1.11の特有の音です。このドライブはソフト等の起動が高速です。
プレクスターのドライブはプレクスター2000を使い、回転を落とすことでかなり静かになります。特に32倍速に落とすと、とても静かです。
でも、自分の場合はADコンバータが故障で、IOデータに修理に出したところ不良交換になり、2000年3月製造のドライブだったのに、1999年4月製造の古い仕様（ファームウェアが1.04)のドライブが送られてきてとてもショックを受けました。IOデータでは修理ではなく不良交換なので、安易に修理に出すとショックを受けます。
1.04のドライブは40倍速だとうるさいので、20倍速に落として使っています。
1.11のドライブとは回路、ドライブも全く別物なので、ソフト起動などの反応も遅いです。1.11のドライブは変な音はしますが、レスポンスはとてもいいです。
1.04のプレクスターのドライブはWINCDRなどのオーディオ速度測定をすると、ディスクのチェックに時間がかかるため、回転が上がらず、4倍速前後のドライブになってしまうのでこのチェックはしない方がいいです。B's Recorder GOLD ではこのプレクスターCDドライブの読みとり速度を指定できます。
ちなみに使っているCD-RWドライブはLCW-Y8824SK（ヤマハのOEM）です。
バッファ等の異常表示はEasyCDクリエイター4.0がプレクスターのCDドライブに対応していないだけだと思います。WINCDRもきちんと対応できていないのですから。

PureMailOPのとぎれはメモリを増設するしかないのでは。また、音源を内蔵のものにしたらどうでしょうか。
64MBでは少ないです。でも、増設しても改善されるかは保証できません。
自分の場合はHD6台で100GB程度にして、ゲームはフルインストールです。もちろん、PureMailもフルインストールして、プレイしています。
PureMail/OP高画質モードは9821ではK6III-400でもつらいかも。
強調しておきますが、プレクスターのドライブはプレクスター2000を導入しないと魅力が半減します。

ＤＯＧＬＯＶＥさん、投稿有り難う御座います。わたしの購入したCDVPB40Tのverは1.11でした。という事は改修版の物と考えて良いようですね。
＞1.04のプレクスターのドライブはWINCDRなどのオーディオ速度測定をすると、ディスクのチェックに時間がかかるため、回転が上がらず、4倍速前後のドライブになってしまうのでこのチェックはしない方がいいです。
一応、同期転送にチェックを入れないで計測してみたところ16倍相当又は40倍速と表示されました。システムのプロパティの同期転送とかはチェックしない方が良いでしょうか？
＞バッファ等の異常表示はEasyCDクリエイター4.0がプレクスターのドライブに対応していないだけだと思います。
私も一瞬そう考えましたが、まかりなりにも最新CDROMとラィティングソフトなので其れは無いのではと思ったのですが・・やはり、ドライブメーカーとしては別物なんですかね。
＞PureMailOPのとぎれはメモリを増設するしかないのでは。
う〜ん、確かにメモリー不足もあると思うのですが再生時の音飛びとMOVEの再生のぎこちなさが、以前のパイオニアの物と比べると全く異なるので。パイオニアでも確かに音飛びはあるのですがMOVEがスローテンポになったり一瞬引っかかるような事はないので「キャシュ」が無効になっているのかと思ったのですが。
IOには付属していないのですがどの様に入手すれば良いのでしょうか？（購入すると言うことになるのでしょうか？）
後は、気分の問題となるという事ですかね。
＞PureMailもフルインストールして、プレイしています。
自分も、フルINSTしてます。あの出来を見ると「フル」しかないと思いましたので。
処で、お手数かもしれませんがＤＯＧＬＯＶＥさんの設定等を教えては頂けないでしょうか？プレクのドライブは初めてなので設定が合っているか少し不安なのです。又、ＤＯＧＬＯＶＥさんの環境でもPureMail/OP640のモードのMOVEで駒落ちと音飛びがあるでしょうか？私は、ヒロインの後ろ姿からUP（振り向き）に行く所で激落ちしますし。まだ、プレイをしてないので名前が判りませんが「青い制服の眼鏡の子」の所で一瞬止まり＋音切れが発生します。勿論、最後に近いところの妹とバスケ部の子が出るところもかなり激しいです。
こんな状態ですが、どうなのでしょうか？

＞IOには付属していないのですがどの様に入手すれば良いのでしょうか？（購入すると言うことになるのでしょうか？）
前文が抜けてしまいました。
＞強調しておきますが、プレクスターのドライブはプレクスター2000を導入しないと魅力が半減します。

申し訳ないです。

PX-43CS, PX-63CS, PX-83CS, PX-12CS, PX-32Cs と使っていますが、キャディですとそんな音しませんし、静かですよ。
最大 40 倍速のものは、キャディのものが無いので知りませんが。

以前、私はIO-dataのCDVPB40Tを修理に出したところ、ファーム1.00から1.11になって返ってきました。ということで、これは運なんかも知れませんね。

それから、起動時やトレイ開閉時のシュッという感じの音に関しては、この修理開けに以前のドライブよりも音が大きいので秋葉のサポートセンター(IO)で聞いたところ、「1.10以降はRWも読めるようにしたために一度モータを何かにぶつるける形にして認識率を上げるようにした」とプレクのサポート(^^; の人から聞いた、と言われてました。
その人はCDVPB40Tを使わずにPX40TS及びPX40TSUW(こっちは何も音がしない)を使っているそうです…。

ですから、これは完全に仕様(PX40TSのみ)と言うことになります。

プレクスター2000の説明不足でした。
プレクスター2000の正式名称はPlextor Manager2000です。
DOS/Vパソコン専用ユーティリティソフトですが、あくまでも自分の経験内では9821XV13/W16でも正常に動作します。
以前はプレクスターのホームで3000円程度で販売されていると思いましたが、今ではないようです。したがって、入手法はプレクスターのドライブを買うしかないです。

17-40倍速モードではうるさく思える動作も14-32倍速モードに変更することでかなり静かになります。特に美少女ゲーム等の音声ファイル読み込み時に快適です。また、ドライブの回転時間も指定できます。
同期転送に関しては、同期転送のチェックは絶対にオンです。
WINCDRでのベンチ等で1.04のドライブは起動等が遅いことを説明しただけで、1.11のドライブの場合は関係ないです。
1.11と1.04のドライブは基盤設計も違いますし、ドライブも違っています。これは関係ない話ですが、1.04のドライブは17-40倍速の下は10-20倍速しか指定できず、まるでPX32TSと同じになり悲しいです。速度は高速ですが。

ライティングソフトのCDドライブのサポートは割といい加減です。今ではCD-RWドライブも安価になり、DOS/V機で使っているティアックのCD-W54Eでは読み込み速度も音楽CDでさえも32倍速までサポートしています。どのライティングソフトでもただのCDドライブよりも正確に速度を指定できますし。それはヤマハのCD-RWドライブも同じです。

PureMail/OP640モードに関しては音飛びはないです。ただ、音楽が終わってしまっても動画の再生が20秒程続いています。それは単独で再生しても同じです。
自分の場合は9821XV13/W16にIOのHX400を使って美少女ゲーム専用機にしています。
全く見当違いかもしれませんが、Window Media Player7をインストールしていなければ、インストールしてみては。自分はインストールしています。

ネットはDOS/V機ですが、ゲーム専用マシンとして9821を使っています。
しかし、すでに限界が近づいているのでは。来年は高速なDOS/Vを自作して美少女ゲームをプレイするしかないでしょう。

ＤＯＧＬＯＶＥさん、レス、有り難う御座います。
＞以前はプレクスターのホームで3000円程度で販売されていると思いましたが、今ではないようです。したがって、入手法はプレクスターのドライブを買うしかないです。
うっ、やっぱりそうですか・・購入時に「純正」か「OEM」か迷ったのですが結局IOにしてしまいました。此処で、差が出るとは・・・
＞ライティングソフトのCDドライブのサポートは割といい加減です。今ではCD-RWドライブも安価になり、DOS/V機で使っているティアックのCD-W54Eでは読み込み速度も音楽CDでさえも32倍速までサポートしています。どのライティングソフトでもただのCDドライブよりも正確に速度を指定できますし。それはヤマハのCD-RWドライブも同じです
という事は、CD−RW等のドライブでは問題なく表示がされるのはこの辺が関わってくるんですね。まぁ、確かにCD-R／RWの為のソフトですからCD−ROMの対応は、一寸おいて置いてと言う処でしょうか。
＞PureMail/OP640モードに関しては音飛びはないです。ただ、音楽が終わってしまっても動画の再生が20秒程続いています。それは単独で再生しても同じです。
うーん、音飛びとMOVEのずれ等はあるので少し違いますかね。
＞Window Media Player7をインストールしていなければ、インストールしてみては。自分はインストールしています。
INSTしてないです。クリエイターと相性が悪いと聞いた物で・・。でも、INSTしてみようかなぁ。
＞しかし、すでに限界が近づいているのでは。来年は高速なDOS/Vを自作して美少女ゲームをプレイするしかないでしょう。
うーん、そうですかね。一応、へなちょこ自作機があるので其れでMOVE再生をしてみたのですが、もう飛びまくりです。けど、スペックがK6-2/450とミツミの32倍速CD−ROMだからしょうがないかな？もうすこし弄ってみて、おかしいようなら購入先で調べて貰おうと思います。
その他に、レスを下さった皆さん（はにゃさん、Ｈｎｄさん＜ＴｒｕｅＦｉｅｌｄさん）、有り難う御座います。もう少し様子を見てみます。

Puremailでのいろいろな確認をしました。
元々動画はHDにインストールされています。それで、基本的な音飛び、駒落ちではCDドライブの性能ではなく、CPUのパワー不足です。
動画はWindow Media Player7でよく見ているのですが、HX400程度のパワーでは音楽と動画が一致しません。音楽が終わっても、動画の再生は続いています。
それで、ゲームでの動作確認をしました。
設定グラフィックのチェックでACTIVE MOVIEを使わないと駒落ち、画面のノイズがひどいです。
ACTIVE MOVIEを使用すると、動画はきれいですが、音楽が終わった時点で動画は途中で終わりです。
音飛びはパワー不足等で揺れているみたいですが、オリジナルの録音が悪いのかもしれません。
積みゲーが多く残っていて、ゲームに関する確認をあまりしないで書いてしまい、すいませんでした。

ＤＯＧＬＯＶＥさん、更なる追記情報有り難うございます。
＞元々動画はHDにインストールされています。それで、基本的な音飛び、駒落ちではCDドライブの性能ではなく、CPUのパワー不足です。
矢っ張りCPU周りなんですね。私も、HDDにINSTしてある動画を再生してみましたが、音飛びは２〜３回程度MOVEの駒落ちのような物も、かなり少な目でしたが動画の再生は曲が終わっても続けるところは同じです。
INST先はAEC7720UWでのUW化したHDDなのでその転送速度が効いてるのかもしれないですね。
今は、元のパイオニアに換装してしまったので更に換装しなおしてみて、チェックをしてみようと思います。

追チェックです。昨日、再び換装し直しCDRWを使用しての焼き込み実験をしてみました。その結果は、以前のパイオニアでは読み込み失敗を何割かの確率で起こしていたCD−ROMも問題なく焼き込めました。本来の換装の目的である12倍速の焼き込み実験はまだやっていないですが今日にでもやってみようと思います。