プッシュアウトしてしまったので、新規で投稿します。
製造番号「3Y」のPC-9821A-E10（SCSIボード）で、1GB超の領域から起動できない件ですが、まりもさんのおっしゃるように、Win98のdiskinitをかけてみました。HDDはDORS32160（2GB）で、これを他機のSC-UPCIにつなぎdiskinitしたのち、1023、100、100MBの領域をそれぞれシステムつきで確保、続いてdos6のformatで100MBをシステムつき確保しました。
これらの領域はすべて、他機では起動できることを確認後9821AsのE10ボードに接続し、各領域から起動できるかどうかテストしました。
結果ですが、領域１、２のWin98は起動でき、３，４のWin98、dosはダメでした。起動メニューからその領域を選ぶと、何もせず起動メニューに戻り、再度選ぶとハングしてしまいます。やはりE10ボードのBIOSの問題と結論づけられるかと思います。

なおDOS5における1GB問題というのもありましたが、これは1GB超領域から起動できないというのでなく、1GB超HDDをつないだ状態で起動するとハングするというのではなかったでしょうか？
手元にあるDOS5.0（Aではない）のＦＤで起動してみたら、ハングしました。