泥水に使っているので、泥をを完全に除去しないと行けません
カバーがある以上そのままでは、泥を除去するとは不可能です

1、ＦＤを、ばらし、ためた水で、何度も水を替え、中のディスクを洗ってください
水の中で軽く振り、何度も水を替え繰り返します
〔最初は流水は避けてください、泥の粒子で、ディスクに傷がつきます、
二三度したら、ゆるい流水に変えても構いません９

2、直射日光のあたらない、風通しの良い場所で完全に乾かして下さい
〔直射日光を当てると、紫外線でデータが飛びます）

3、新しいディスクを１枚用意、これを、同じようにばらし、中のディスクは捨てます
これに乾いたディスクを入れ、新しいＦＤにコピーして下さい
〔古い水にに使ったカバーは、すべて捨ててください）

枚数が多いと大変な手間ですが、データを救うには手作業しかないです
ディスクその物を救う方法はないです

大変でしたね・・・。
これについては、まずフロッピーメーカーのお客様相談室などに
直接問い合わせになった方がよろしいのではないかと思います。
参考までに、ソニーの「お客様相談センター」は
052-232-2611だそうです。

お勧めというものではありません。復旧できるかわかりませんが　何枚もあるようでしたらとりあえず、1枚だめ試すつもりで水　もしくはビデオテープ用のクリーナーで洗浄するのはいかがでしょうか。水といっても水道水名では不住物や塩素が入っていますので　いったん沸かしたものできれば蒸留水があると望ましいと思います。　それからディスク内に　汚れなど細かいものが入っていると思いますので　無謀な話ですが　シャッターをあけ下に向けて
洗うほうがいいと思います。あとは十分に乾かすことです。ただしうまく読めたとしても
それ以降そのＦＤは使用しないことをお勧めします。

泥水に浸かったフロッピーは、ライナー(ケースの内側に貼ってある布)の部分に泥が浸透しているので、そのまま洗ってもきれいになりません。
すでに書かれているように、中の円盤を取り出して洗ったあと、新品のフロッピーと中身を入れ替えて、すぐに正常な新品のフロッピーにコピーを取ってください。
ちなみにシャッターはいちいち取り付ける必要はありません。
3.5インチフロッピーの場合、円盤の中心に金属の部品が接着してありますが、これは絶対に外してはいけません。

お金をかければ，こういうのもある様です．
http://www.ascii24.com/ascii24/news/serv/article/2000/09/19/618167-000.html

＃半額といっても結構な額だとは思いますが・・・

皆様　色々とありがとうございます
枚数が１２０枚ほどあるので自分でやりきれるかどうか不安が残りますが
一度試してみます
同時に値段の見積もりもかけてみます・・・
また何かありましたらよろしくお願いいたします

中間報告です
フロッピーをばらして円盤を水洗いし、ティッシュで水分を良く取り
シミが残らないように丁寧に磨き
新品のケースに入れて見ましたら、ちゃんとデータが読みとれました
思ったより円盤の表面には傷が付きにくいのがわかりました
これから地道に内職します
皆様　今回は本当に有り難うございました