I・OデータのSC-98III(P)に50ピンコネクタパタンのついているものが存在します（まれにコネクタそのものがついているものもあるとか）．また古いSCSI-1のボードでも何種類かあります．過去ログにもこの話題に関する記事がいくつかあります．
コネクタ増設法に関しては，
「しーど君の工作記」(http://member.nifty.ne.jp/SEED/)の，
「今宵銀河を廃にして」-->「SC-98IIIに内蔵コネクター取り付け」
とたどっていったところに写真入りの記事があります．

マイクロスタッフ社製のC-BUS SCSIボードのMSC98Kがそうです。
SCSIのチップはPC-9801-100やAHA-1030Pと同じものを採用してい
ます。

別の手段として、SCSIボードの外部コネクタからケーブルをパソコン内部に引き込み、変換コネクタを使ってSCSI機器に接続するという方法もあります。SCSIケーブルを引き込む場所が確保できれば、こちらのほうが手軽だと思います。

多くの情報の提供ありがとうございました。
さっそくしらべてみます。

終端について気を付けてください。昔のボードは自分が端と思って終端したままというのが
あります。といって、内部バスの先で終端しないとそれはそれで不安定。
ボードの取扱説明書をよく見てから、増設しましょう。そうでないと原因不明の障害に悩むことになります。

　SC-98III内蔵用コネクターパターンを使って内蔵させていますが、パターンが半田で埋まっているので除去しなければならない事とボード上の終端抵抗を取り除く事が必要で、それなりの道具と手間がかかりました。
　星(ま)さんが書かれている例として、SC-98IIIならセカンドバス用金具板が本来のコネクターの隣にあって取り外しが可能です。　ここにパーツ屋さんで売っているマザーボードのフラットケーブルから外付けコネクターに変換する部品(〜1500程度)を付けて、本体のボードの本来のコネクターからこちらの変換コネクターにケーブルを接続、変換コネクターのフラットケーブルコネクターから内蔵機器へ持って行くと、一枚のボード上で処理が出来て一番簡単かと思います。
　ただ、こちらの場合もきちんとしたものを目出すなら、変換コネクター付属の金板をセカンドバス用金具板の長さに合わせて切って、２個の穴を開ける必要があります。
　それと、外付け機器を使うときは、ケーブルをはずさないといけないので内・外付け機器の同時使用はできませんので、それなりの割り切りは必要です。

参考までに。macnica社のmPS-200というscsiカードにも内部増設用のパターンがあります。
コネクタを取り付けることによって使用することができます。速度は今となっては遅いほうですが、mo、cd、cdr、hdなどを使うには十分でないかなと思います。(なぜか起動はできないけど)
なお、WIN2000でもドライバーをうまく探し出せば動かすことができます。
後は売っているところをうまく見つけることかな。

メルコのIFC-NNにも，コネクタパタンのあるものが存在するようです： http://www.cham-reo.com/logsearch/archive/stage_2/pc-98/sled12174.html

　うちのIFC-NNにもパターン付いてます。いまさら植える気はありませんが。　(^_^;)

＞それと、外付け機器を使うときは、ケーブルをはずさないといけないので内・外付け機器の＞同時使用はできませんので、それなりの割り切りは必要です。
外付け機器をデイジーチェーンすれば使えるのでは？(終端は内蔵機器の最後のデバイスで)