フルパッケージ番なら、確か、付属のＦＤを入れ、リセットすればよろしかったと思います。
あとは、画面の指示道理に、進めていけば、すんなりはいるかと思います。ただし、周辺機器を、いっぱい付けたままだと、上手く認識できない場合が有るので、マシン構成は、なるべく、必要最小限の、接続状態から、始めた方が宜しいかと、思います。
足りない所、等、詳しい方、フォロー願います。m(__)m

ＨＤＤ交換後のバックアップＣＤ−ＲＯＭインストールを実行したいのであれば，以下のＵＲＬの情報が役に立ちます。http://www.ss.iij4u.or.jp/~b-itoh/powerup/p0002.htm
もし，ＷＩＮ９８の製品版であれば，ＷＩＮ９８の起動ディスクで起動＞好みのパーティション確保＞フォーマット＞起動ディスクの内容をＨＤＤに転送＞ＨＤＤから起動し，インストールという手順になるのでしょうか？注意事項としては，９８２１は起動したディスクにインストールをしますので，ＨＤＤにＷＩＮ９ｘをインストールする場合にはＨＤＤから立ち上げないといけません。

Win98の起動ディスクがあってCD-ROMが標準の物であれば、Win98の起動ディスクで起動してCD-ROM選択で適切な物を選択してCD-ROMドライブを使用可能にしておきます。
次ぎにHDDにFDISK＞FORMATの手順を行い、システムも転送しておきます。
そしてWin98のCD-ROMを挿入、そしてWin98nフォルダをHDDにコピーしてFDを抜いて再起動・・・
HDDから起動したらWin98nフォルダのSETUP.EXEを実行すればインストールし始めます。

パーティションは自分の使いやすいように切れば良いと思いますよ。＜切り方で色々違いがありますが使いやすさが一番かと、、