ご使用のシリアルマウスが何か解らないので何とも言えませんが・・・
PC-98で使用できるシリアルマウスもあれば、使えない物もあります。
MS製の物はだいたいが使用できるようです。

１．いわゆる所のBIOS（の様なもの）で無効化しているシリアルに繋いでる（MATE-Xなど）
２．シリアルポートの設定が合ってない（マウスのマニュアルに注意書きがないか）
３．接点不良（接点復活材を使うかきれいに拭く）
４．実はデバイスマネージャで異常が出ている
５．実はマウスのボールがちゃんと転がってないor白い板の上で光学マウスを動かしてる

っとこんな所でしょうか。
１．は可能性としてはほぼ皆無ですがWindowsはBIOSで無効になった物を見つけるのが
得意という観点から少ない可能性が残ります。
２．はシリアルマウス自体持ってないので何とも言えないです。
４．辺りを確認してみると良いかも知れません。

動作報告自体は過去結構動作報告が上がってますから不可能じゃないでしょう。
尤も特定の機種は不可、と言う可能性がないわけでないでしょうが。
お持ちの型番を挙げると何か分かるかも・・・。

BIOSで2nd CCUを無効にしているとWindowsでは認識できません。
デバイスマネージャをチェックしてみるといいと思います。
動かないと言うことはないと思いますよ〜

たいていのものは、標準シリアルマウスでとりあえずは使えません？（機能は別として）。

PC-9821にはマイクロソフト製シリアル接続マウスを使ってね。

同社製WheelMouseはAT互換機・PC-98NX対応で、PC-9821での利用は保証なしですが、
現在値段は2000円ちょっとと「比較的廉価」に手に入り、ＮＥＣ純正バスマウスに大きさも近い
ので（若干角が取れている程度）違和感が少ないと個人的に思います。

またOS標準のドライバがCOM1接続にも対応しており、過去の正式対応製品に添付されていた２個のPC-98用変換アダプタも、25ピンシリアル（デスクトップCOM1）や14ピンシリアル（ノートCOM1）と９ピンシリアル（COM2）のピン配列の変換以上の違いは無いので、現行製品に添付されている９ピンシリアル→PS/2変換アダプタの前段にそれぞれの市販変換アダプタを組み合わせても（ノイズの問題？　を除いて）同等になります。
OSがWin98以上の98ノートで利用したり、シリアルポートをモデムなどで一切使っていない場合はCOM2を殺してＣバス拡張ボード用にIRQを供出できるささやかなメリットがあります。（はっきり言って良いところはそこだけ。）

但しIntelliPoint3.1はPC-9821だとセットアップに弾かれ、OS標準ドライバのみだと単にホイールの使えるマウスとなるだけなので、最適だとは言えません。USBを標準で持っている機種や既にUSBをカードで増設している機種ならマウス以外の利用も期待出来ますし、素直にUSB接続で利用したほうが良い気がします。