MS-DOSとN88-BASIC(86)では、ディスクのフォーマットが異なるので、直接ディスクを読むことはできません。MS-DOS 3.1以降に付属・それ以前は単体販売の「Ｎ８８／ＭＳ−ＤＯＳファイルコンバータ」(FILECONV.EXE)を使用すれば、ファイルの交換はできます。しかし、BASICで書かれたプログラムならWindows用のN88-BASICと互換性のあるBASICを使用すればいいのですが、機械語プログラムの場合はN88-BASIC(86)(MS-DOS版)で動かす必要があります。この場合、MS-DOS版との仕様の違いのため、機械語プログラムをロード・実行させるプログラムを自分で書き換えないといけません。また、プログラムによってはどうしても動かない場合もあります。

以前、Win95のDOS窓で CALL E800:0000 を実行してみたら、ROM BASICの起動メッセージまでは表示されました。そもそも、そのマシンではDOS上でもそこで止まるのですが、適切な処理をしてやれば動くのかもしれません。もしかしたら、Windows上でもOS/2のブートマネージャみたいなことが実現できるのかもしれません。