＞パソコン付属のバックアップCD-ROMからはセットアップできない
これは単純に、パソコン付属のCD-ROMをセットアップする場合、パソコンの市販状態の機器構成のドライバを使う為に、新たなインターフェースに繋いだストレージが認識できない為だと思います。
それがちゃんと設定できる方ならば問題無いとおもうのですが・・・。

これは、マシン付属の再セットアップディスク（ＦＤ）が、起動時に環境を調査し、容量の異なるＨＤを繋いでいるとそこでエラーメッセージを吐き出し、止まってしまうからでしょう。

ＰＣ-98付属のＷｉｎｄｏｗｓ９５のコンパニオンＣＤ−ＲＯＭにはいくつか種類があり、
1.ＡＴ機に付属のコンパニオンＣＤ同様、「SETUP.EXE」の無いもの。
2.製品版のＣＤ−ＲＯＭと同様に、ルートディレクトリに「SETUP.EXE」があるもの。
3.ルートには無いが、「WIN95」フォルダに「SETUP.EXE」があるもの。

　このうち、2.3.については製品版と同様のクリーンインストールができるので、
ＣＤ−ＲＯＭを認識させることができるドライバを組み込んだＷｉｎ９５起動ディ
スクがあれば初期状態と違う環境のマシンいもインストールが可能です。
　また、Ｘｖ20等に付属のバックアップＣＤ−ＲＯＭ（購入直後のＨＤの状態の
イメージが焼かれている）の場合は、ＣＤ−ＲＯＭを使えるようにした上で、

A:>Q:WINDOWSOPTIONSCABSSETUP

とすればセットアップできます。因みに、ＣＤ−ＲＯＭが購入時のままなら、ＦＤ
の再セットアップディスク＃１にＣＤ−ＲＯＭドライバ（NECCDM.SYS）等が入って
いるのでそれを使えばいいでしょう。

☆セットアップの手順（新しいＨＤのフォーマットは済んでいるものとして）

ア.再セットアップディスクで起動してメニューを終了させてコマンドプロンプト
　を表示させます。

イ.以下のようにタイプします。

A:>SYS A: B:
A:>COPY HIMEM.SYS B:\nA:>COPY NECCDM.SYS B:\nA:>COPY MSCDEX.EXE B:\nA:>B:
B:>COPY CON CONFIG.SYS
FILES=40
DEVICE=HIMEM.SYS /TESTMEM:OFF
DEVICEHIGH=NECCDM.SYS /D:CD_101
LASTDRIVE=Z
DOS=HIGH,UMB
^Z ←F10キーを単独で押し、エンターしてください。

B:>COPY CON AUTOEXEC.BAT
LH MSCDEX.EXE /D:CD_101 /L:Q　　←Ｌ：の後は好きなドライブレターを
^Z

ウ.ＦＤを抜いて再起動します。
エ.無事起動してＣＤ−ＲＯＭを認識したら、
　1.の場合で、イメージＣＤが付属の場合（ＦＭＶのように１ファイルにアーカイブ
　されてるものは除く）はイメージＣＤを、2.3.の場合はコンパニオンＣＤをドライ
　ブに入れてください。
オ.
1.の場合は、
A:>Q:WINDOWSOPTIONSCABSSETUP
2.の場合は、
A:>Q:SETUP
3.の場合は、
A:>Q:WIN95SETUP

です。ちなみに、ＣＤ−ＲＯＭを認識させるのが面倒な場合は、先に￥ＣＡＢＳ
フォルダもしくは￥ＷＩＮ９５フォルダをＨＤにコピーしておいて、そこから
セットアップするのも良い方法です。（そのほうが、後でＷＩＮ９５のＣＤ−Ｒ
ＯＭを要求されなくて便利です。）

あ、ＳＹＳコマンドはＦＯＲＭＡＴ時に/Ｓスイッチをつけているなら不要です。また、ＷＩＮ95の起動ディスクじゃないとＳＹＳコマンド自体が入ってないかも。

レスありがとうございます。
補足ですが出荷時のHDD(850MB)からバルクのHDD(3.2GB)に1度換装してます。
(クラッシュしたのはそのバルクのHDDです)
それでも問題なくセットアップできました。
メルコのHDDはSEAGATE製なんですけどバルク品のように柔軟に
対応できないように何らかの細工がされてあったりとかはしているんでしょうか?
市販のOSでしかセットアップできないというのもそこらへんから来ているのでは
ないでしょうか?

PC-9821向けのOSRのセットアップディスクには９８チェックが仕掛けられている機種が有ります、恐らくそれの事ではないかと。
回避するにはその部分を「REM」するだけだったと思います、なにぶん私の持っているPC-9821向けOSRにはそう言う物が仕掛けられる前の製品ですので記憶が定かでは有りません。

>メルコのHDDはSEAGATE製なんですけどバルク品のように柔軟に
>対応できないように何らかの細工がされてあったりとかはしているんでしょうか?
わざわざそんな意味のないことしないでしょう。

いあ…Advanced BIOS添付のHDD製品の場合は、容量を4.3GB以内に変更して出荷しているようですから、「細工」といえなくもありません…。

＞いあ…Advanced BIOS添付のHDD製品の場合は、容量を4.3GB以内に変更して出荷しているようですから、「細工」といえなくもありません…。

NECフィールディングが販売している4.3Gの2.5インチHDDも、実際は6GのHDDに対してファームウェアを書き換えて4.3Gに見えるように「細工」しているらしいですな・・・

メルコなどの周辺機器を販売する会社も4.3GのHDDの調達に相当苦労しているようです。
今後は大容量のHDDに対してファームウェアを書き換えることで4.3Gに見せかけて出荷されるHDDが増えるかも知れません。

「なんちゃって4.3GB」というところですね(^^;。

先週課長のＮＷ１６６に内蔵するために、Ｉ．Ｏ．のＤＯＳ／Ｖノート用4.3ＧＢＨＤを買ってきたのですが、ＨＤに貼ってあるラベルには6ＧＢと書いてありました。なんか損した気分。普通の6ＧＢならもっと安いのに〜。もっとも98用4.3ＧＢは高くて手が出ませんでした。