D3、C3モデルのインストールディスクの書き換え>
http://picrobo.pc98.nec.co.jp/R2/idx/qa.htmから商品別サポート情報、PC-9821V233,PC-9821V200添付システムインストールディスク不具合に関する件、だと思いますので、Aドライブ(HDDの先頭ドライブ)以外にインストールすることをサポートする物ではないと思います。
CABSセットアップの場合、msbtch.infを編集しますが、標準インストールディスクでカスタムセットアップを選んだ場合は、自動的にそこまでしているわけでもないでしょうから、ドライバの類とかWindowsが標準で持っているアプリとかは、ことごとくAドライブ(HDDの先頭ドライブ)にインストールされるように思います。
カスタムセットアップは、FDDの増設でFDD起動したときHDDの先頭ドライブがB:でなくなる場合、HDDのパテーションを標準以外で任意に分割する場合、などに使うのであって、基本的にWindowsはA:から起動する様にインストールするものと思います。(私はやったことがありませんので確証はありません。悪しからず。)
USBのドライバディスクは、確か赤いシールに白文字で「このフロッピーは使わないでね」なんて書いて、厳重?に包装された物が入っているはずです。