おそらくハードディスクが死にかかっています。不良セクタが増加しているよう
ならまず間違いないと思います。
　たぶん内蔵のIDEハードディスクがおかしくなったものと思われますので、内蔵
インターフェイスが対応している容量までのIDEハードディスクに交換するか、
IDEハードディスクを諦めて、SCSIボードが対応している容量までのSCSIハード
ディスクを使用するようにすればいいでしょう。

確かにＨＤＤ危篤の末期症状です。ご臨終が近いと思われるのでＨＤＤを交換すれば直ると思います。ＰＣＩにＳＣＳＩを刺しているのでしたらＳＣＳＩＨＤＤにすることをお勧めします。

ＨＤＤ、危篤のようです。
認識をもしするのなら？
もし、どうしても待避させるデータがある場合はコピー先のドライブを用意し、起動中、死にディスクを手に持ってケーブルが外れないように、右、左と回してみてください。
運がよければ、一時的にモーターが回り、データが転送できます。
（注：でもけっこう危険ですし成功するとは限りません。もしやるなら２人でやることをお薦めします。）

もしかしたらシステムセットアップメニューで内蔵ＨＤを切り離していませんか？

ハードディスクが死にかけだと、カッコンと比較的大きな音（リトライ音）がなることがあるとおもいますが…
そうでなければ、HDDが熱を持ちすぎていませんか？
それ以外にも、どこかが熱暴走して、HDへの書き込みを誤ることも考えられます。

えーあー、初めまして。桜花と申します。
最近、似たような症状を体験しましたので報告しておきます。
Ra20/N30とSCSI HDDでのことなのですが、ある日突然、フリーズやらファイル破損が
急増しました。めったにフリーズしないMS-DOS上でもフリーズするので、
どうもおかしいと思っていたのですが、何度か繰り返してみると、
ＨＤＤのみならず、SCSI接続のCDDまでが認識しなくなりました。
同時に逝かれるなんて状況はどうもおかしいと思い、ケーブルあたりを疑ったところ、
見事に的中し、ケーブルを交換しただけで問題なく動くようになりました。
どうやら、メンテナンスの度にケーブルを何度も抜き差しした結果、
ケーブル内部で断線していたようです。
ということで、ケーブルを疑ってみてはどうでしょうか？
ちなみに、ＩＯのSCSIカードを使ってHDDを動かしているなら、
SCSIのサポートソフトで立ち上げて物理フォーマットとクラスターチェックを
行うと論理フォーマット上のクラスター破損程度なら回復する可能性があります。

やはりHDですかねぇ？不良セクターの癌が発生して以来、どうも調子が悪かったんです。
ところで、SCSIカードをさしてありますが、内蔵のHDをこのカードにつないで、メインドライブとして使えるんですか？そうなれば内部転送速度の飛躍的な向上が望めるのでは？