単なるコネクタ部分の接触不良じゃ？。何回かやって再現性はありましたか？。コネクタピンを見て、ピンが引っこんでいるとかメス側が変に開いているとかはありませんでしたか？。

一般的に、このコネクタの接触はどうも…。へんに緩いとかキツイ場合も、接触不良になりがちですね。

一つの親コネクタから供給される電流容量には限界があるので
高速CD-ROM(CD-R/RW)ドライブやCPUアクセラレータなどと、7200rpmクラスのHDDを
同じ親コネクタから分岐すると過電流になる可能性はありますね。
今の電源装置では、そんなことは起こらないと思いますが・・・
過電流になると、安全装置が働いて電源が切れるのでそういう状態になったのだと思います。

kmast さん:
> 一つの親コネクタから供給される電流容量には限界があるので

コネクタやケーブルにも許容電流というものはありますが、デバイス用コネクタのライン毎に電源が分かれているわけではありません。(元は電源ユニットの同じところから供給されている)
同系統の別コネクタに接続したらＯＫだったことからも、
> 過電流になると、安全装置が働いて電源が切れるのでそういう状態になったのだと思います。
という可能性はなさそうです。
真空管猫さんや まりもさんが書かれているように、単に接触不良だったのでしょう。
# あのコネクタは錆びやすいことだし...

まりもさんのご意見と同じく私のＶ１３もこのコネクタ接触不安定です。
ケースの開け閉めした際に触ったりすると接触が悪くなっていたりしました。
対策として正しく接触している状態でコネクタ部分を絶縁テープで固定しています。
それ以後は安定しています。

返事遅くなりました。いろいろご教授有り難うございます。
接触不良ですか…。
一応、ダメだった方のコネクタはＣＤ−ＲＯＭにつないでありましてまともに動いています。
オス／メスの相性なんでしょうかね？
なんとなく、分岐部分でさらに分岐したので３つ又状になったので安定しないのかなと、末端で分岐すると２分岐の先でさらに２分岐だから安定するのかと考えてたのですが、どうなんでしょうか？
とりあえず、今は安定しています。どうもありがとうございました。

決着しかかってますが参考までに。
ほぼ同型のM7J2で32倍速CD-ROM、8倍速CD-R、MO、HDD（7200）＊2台の環境で
MS-466＠500にしていたときは起動できる接続はかなり限られてました。
比較的ましだった接続でも起動時ストレージ機器認識できなくて、起動DISKを入れてください状態になってましたし。(^^;
接触不良はそれぞれをできるだけしっかりと挿し応えのあるドライブに持っていくと減るみたいですね。（特に分岐ケーブルはアヤシイのが多いです）＜やけに軽く入るとか
＞一つの親コネクタから供給される電流容量には限界があるので
これのせいか私はCD-Rが一度死亡しかけました＞ヒューズ切れ
K6-III+化と電流容量をなるべく均等化したら、いまはその症状でなくなりました。