＞窓９８は旗が出て・・・
え〜と、これを出ない様にすれば良かったはずですよね。
確か、「MSDOS.SYS」に「logo=0」を書き込むんじゃなかったっけ？

もしかしたら「FAQ」かもしれないので過去ログを参照すれば出てくると思いますが、、、

＃ちなみにメルコのCPUアクセラレーター付属のユーティリティーディスクを、
使うと自動的にロゴが出なくなりますね。

Windows98では旗をでないようにする必要がなかったと！？

Xc16/Sと言う事はDIMMタイプの物ですね。一応、セカンド・キャシュは外していらっしゃるようですので、増設している物を一時的に外してからK6-IIIを装着してみては如何でしょうか？起動して、安定すれば電源容量不足の可能性が出てくると思います。
ただ、それを実行しても緩和なされないようならばハード的に何か在るのではないでしょうか？
後は、熱暴走の可能性ですがケースを開けたままにして起動させてみて、FANが止まっていたりしなければ暴走の可能性も低いでしょうね。（部屋の温度にも寄るかもしれませんが、まだ夏ではないので温度は問題無しかもしれませんね。）

事故レスです．
昨日，CPU,メモリ,HDのみの構成だと，一発で起動しました．しかし，ＧＡ−ＰII８/ＰＣＩがないので，画面が真っ暗でした．SAFEMODEでＧＡ−ＰII８/ＰＣＩを削除してもオンボードＧＤ５４４６を認識しなかったので，ＧＡ−ＰII８/ＰＣＩを刺すと，起動しませんでした．
やはり電力不足でしょうか？ 電源は，５Ｖ＋３．３Ｖで最大９０ｗです．

ＷＧＺＣです。Xc16/Sに搭載されている電源がXa/Wシリーズと同じなら、電源容量不足というのも考えられますね。Xa/Wシリーズに登載されているのが145Wと明記されている電源ですが、拡張次第ですぐ容量不足になりますね。
HDDも交換なされている様ですし、メモリの増設、PD-R/K6III/下駄/等で結構容量を喰っているかもしれませんね。一応、電源BOXの交換をしてみた方がよいかもしれませんね。交換してもこの症状が頻発するなら、別なところに原因があるかもしれませんね。後、交換する事によってPCの安定度が高まりますね。
交換するならDELTA製の物が良いかもしれませんね。PC98ではこのメーカーの電源の採用が多いですし。恐らく、250W位の物なら6000前後で秋葉原にて購入できると思いますよ。後300Wクラスだと１万以上しますね。また、今ですと秋葉原に出回っている安い電源BOX（250Wで2980から有るようです。）なんかもいけると思います。ただ、電源によっては一寸手を加えないといけない物もあるので過去ログなんかを探索すると良いかもしれませんね。

過去ログにて、資料を幾つか発見しました。ご参考にどうでしょうか？
http://members.xoom.com/griffonworks/dorlog/2nddorcom/98mania_03/sled03539.html
http://members.xoom.com/griffonworks/dorlog/2nddorcom/98mania_03/sled03539.html
http://members.xoom.com/griffonworks/dorlog/2nddorcom/98mania_03/sled03539.html

事故レスです．
昨日，PL-K6-III/98の９番ピンをオンにすると起動しました．このピンはマニュアルには何も書いてないのですが，これは何でしょう？
でも，Ｌ３を有効にしたり，ライトアロケートを有効にすると不安定になるので，電源交換をしてみようかと思います．
＞250W位の物なら6000前後で秋葉原にて購入できると思いますよ
秋葉原は遠くて行けないのですよ． 近所の店は定価に近い値段でしか売ってないです（Power Windows GXが４９８００円でした．（笑））
ですので，どこか通販で安い所は無いでしょうか？

安いかどうか解りませんが
http://www.tsukumo.co.jp/
なんてどうでしょうか？配送手数料とか考えると割高になるかもしれませんが、DELTA電源は購入できると思います。
>PL-K6-III/98の９番ピンをオンにすると起動しました．このピンはマニュアルには何も書いてないのですが，これは何でしょう？
私も、同じ下駄を使用していますが、何でしょうね。10番なら、保護機能だし。
>Ｌ３を有効にしたり，ライトアロケートを有効にすると不安定になるので，
この下駄でL3は安定しなかった様な気がします。又、アロケートを有効にすると不安定になる原因は分かりかねます。