Cx13ユーザの楠本と申します。Cx3と近いので私の方法をご参考にどうぞ。
私の環境は、2ndcasheはI・Oデータの256をさしてますが、そのままで作動するようです。また、拡張スロットにはIDE-98とIF-2769をさしてますが、大丈夫なようです。
私の場合も、N2000を使うと、A20ライン制御が不能でHIMEM.SYSの組み込みを中止するというメッセージが出て起動してくれませんでした。試行錯誤の末、TOURER-Vさんご指摘の方法と同じ方法を発見してで安定動作させています。その経緯は、居酒屋CANBE
http://www.enjoy.ne.jp/~masa1125/の何でもOK掲示板で書いたのですが、ログが消えてしまったようです。私の場合は、直接エディタでconfig.sysを書き換えましたが。ただ、私の場合は、config.sysでL2cacheを無効化したあと、起動させるところまでは同じですが、k6msrというWIN上からK6シリーズの設定を触れるフリーソフトで、L2が有効になるようにして、こいつをスタートアップに登録することで面倒くささを回避しています。
でも、問題は、このゲタをつけたままではsafeモードの起動ができないことなんですよね。これが動作保証機種であればどーどーと祖父地図へ持ってくのですが・・・。では。