データ化けが起きているという事ですからPCIのストレージ系ボードやメモリの相性チェックの為に最小構成で試してみてはどうでしょう。
内蔵I/Fとメモリは2枚のみ(組み合わせも確認)で位相ももう一度全てチェック・・面倒ですが玄人志向製品ですからそれは覚悟していると思うのでがんばってください。

位相等は全て試されているようですね。FSB2倍でも1.5倍でもうまく行かないようですし・・

下駄の設定でうまく動作しない場合、下駄とCPUとの間の相性（この場合適切な言葉ではない
かもしれませんが）が悪いのかもしれません。或いはマザーと下駄との相性かも。
私の所では複数のN4/NV4下駄とK6-III/IIIE+がありますが、どの組み合わせでもうまく動作
しないマザーが有るのもわかっています。
メモリとの兼ね合いも有りますね。やはりこれも動かない組み合わせのメモリがありました。

ただ可能性の一つとして、今お使いになっているOSが不安定になっているということもある
かと思います。（OSが明記されていないので何をお使いなのかわかりませんが）
起動ドライブが2つの変換をかまして使われている点も少々気になりますね。
まずはFD起動かHDD起動でDOSが正常に使えるかどうか試してみましょう。
でもって出来たら別のOS環境を構築して、まずはそちらで正常動作するかどうか試してみる
といいでしょうね。メインで使っている環境で動作実験を行っていると、そのうち起動
出来なくなるかもしれません。
K6WAWCでのメモリアクセスチューニングを行っている場合は、そちらのオプションを外した
状態で実験しましょう。（すでにやっていらっしゃるかもしれませんが）
また起動HDDに関してもお使いの状態でなく、内蔵IDE、IFC-USP-M2のSDAT、純粋なSCSIと
他の起動ドライブで試してみるのも問題の切り分けとしてはいいかもしれません。

ちょっととりとめのない書き方になってしまいましたが、まずはキレイなOS環境を作って、
ハードウェア環境を一つ一つ変更してみながら試してみるしかないと思います。
手間がかかるかもしれませんが、ガンバって動作させてみてくださいね。

レス、ありがとうございます。OSはWIN98を使用しています。
メモリはIOのEDO-ECCで、128Mです。IDEは切り離してあります。
K6WAWCでのメモリアクセスチューニングはしておらず、
intelsatを使っていますがこれもオフにしてトライしておりました。

HDDから起動メニューでDOSは立ち上がりました。
お二人のアドバイス通りに、外付けSCSIにクリーンインストールして
頑張ってみます。

システムのバックアップをしてあった外付けSCSIのドライブから
600で起動させたところ、一度だけWINDOWSが起動して、
しばらく使えました。ベンチでこけたのですが、その後は昨日と同じでした。
結局のところ、冷却の問題の気がしてきました…

アルファのヒートシンクに比較的低速のファンを使っていたのを、
デルタの6800回転/分のスーパー高速回転ファンにしたら
起動しましたので。
ただこのファン、凄く冷えますがやかましくて使ってられないです(苦笑)

もしかすると、CPUが熱を持っている間にブートしようとしてて、
こけていたのかもしれません。またトライしてみます。