9821Xa12でした。

ご使用になられたCPUベンチのソフトは何でしょう？
メルコの純正キャッシュコントローラに付属のやつでしょうか？

これがわかった方が識者の方々のコメントがいただき易いかと思います。

＃ちなみに、メルコ製ウィンドウアクセラレータなどに付属のメルコベンチでは、
＃データが古くて200Mhzまでしか表示されないようですが…

＃また、PC98本体のリセットコマンドによるプロセッサデータの取得でも同様です。

HK6-MD466-N3の付属のベンチでも、200MHz程度しか出ていないのでしょうか？
もし、付属のベンチでも同じ様なら、ディップスイッチの設定が間違っているか、PC本体側の、ベースと成る周波数が66MHz以下になっている物かと思います。
一度、HK6-MD466-N3の下駄側のディップスイッチがどうなっているのかを書かれては如何でしょうか。その方が、もっと詳しいレスがつくかと思いますよ。

FIX設定のまま載せたのだとすると、ベース60Mhzなので、420Mhz近辺は出る筈ですよね…？
純正のキャッシュコントローラがいまいち評判が悪いようなので、フリーウェアのものを入れたんでしょうか？
メルコ純正のものなら起動時にプロセッサ名と周波数を表示してくれるんですが。

もしWCPUID(だったかな？)を使っているならば、バージョンによっては実際のクロックの半分に表示されてしまうはずです。

P.S＜横レスですが、
新たにスレッドを立てる時は自分が前立てたスレッドにきちんとレスつけてからのほうがいいと思いますよ。
新参者の私が言うのもなんですが。