まずは持っているOSのディスクとキーについてきちんと説明して下さい。

Windows 98 Second Edision (以下Win98SE) は大きく分けて
(1) 新規インストールが可能なパッケージ版 (AT互換機用とPC-9800シリーズ用の両方が含まれている)
(2) アップグレード版のパッケージ版 (AT互換機用とPC-9800シリーズ用の両方が含まれている)
(3) 特定のハードウェアとのセットが前提で販売されたOEM版 (ほとんどがAT互換機用のみ、メーカー製PCにも付属していた場合も)
の3つに分かれますが、持っていらっしゃるのは (2) に該当するものでしょうか。

(2)の場合は、踏み台となる旧バージョンのOSのディスクまたは旧バージョンのOSがインストールされた環境が必要になりますので
そちらが用意出来ない場合はインストール出来ません。(インストール序盤ではねられる)

また、PC-9800シリーズおよびエプソンPC-x86シリーズは、OSのCDの他に
起動用のFDメディアと、接続している光学ドライブを認識させられるようにするためのドライバ類が必要です。

※以上はこのあたりは自力でどうにか解決してもらうということで、詳細は触れません。
　前提としてこのあたりをクリア出来ていないと、この先でトラブルが起きた時に何も出来ないことになってしまいます。

ミス訂正で再投稿してます。

ハードウェアの方ですが、まずは増設用メモリの土台となるボードがありますか？
エプソン純正のPCRB02やメルコのERF、アイオーデータのEP-RB02です。
これらが無いとメモリの増設がほぼ不可能のため
これらが無い場合は(搭載されていそうな本体ごと入手してでも)探しまわるか、諦めるかになってしまいます。

増設用メモリの土台となるボードでも、上記のものではない場合は
特殊品である「エプソンSIMM」と呼ばれる72Pin SIMMが必要になりますが
このエプソンSIMMは入手が非常に困難のため、やはり(搭載されていそうな本体ごと入手してでも)探しまわるか、諦めるかになってしまいます。

次にHDDですが、およそ4GBまでのパラレルATAのHDDがオンボード端子に接続しての使用が可能のはずです。
これ以上の容量のHDDを使用したい場合は、一部のCバス用SCSIカードを使用することで32GBまでのSCSI HDDが使用可能です。
具体的にはメルコのIFC-NNとIFN-NS、ロジテックのLHA-301/LHA301AでBIOSが特定のバージョン以上のものです。

また光学ドライブに関しては、オンボード端子に接続したATAPIドライブが正常に認識されるかどうかはやってみるしかありません。
＃一部のドライブしか認識しなかったような気もしますが、いかんせん忘れてます。
HDDをSCSI接続にしたのであれば、光学ドライブもSCSI接続にしてしまった方が手軽かもしれません。

書き込みに当たって少し調べていたところ、実際に導入実験をされた記録を公開されているサイトがありました。
http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-Bay/2776/index.htm

機種によっては、「EPSON版 Windows95のアップデータモジュール（修正モジュール）」やら
「Pentium ODP」やら「特定のグラフィックアクセラレータボード」やらを用意してやらないと
うまくインストール出来ない場合があるようです。

※自分は手元に同系列の機種が無いので、これ以上は実機を持っている方にお任せします。

(1)エプソン機は9801互換機であって9821互換機ではないので、例えばVGAもありません。従って普通にWindows98をインストールしようとしてもうまくいきません。仮にインストールできたとしても、今度はセーフモード画面が映りません。

(2)さらにNEC版のWindows98にはエプソン機用のドライバは含まれていないので、エプソン機固有の内蔵機器のドライバはエプソン機用Windows95のドライバで代用することになります。なおにエプソンのホームページにはエプソン機用Windows95ドライバが全部揃っているわけではありません。MUだとNKV1とESS688用が欠けているんじゃないでしょうか。ですのでビデオはドライバが手に入るMUローカルバス用かCバス用ボードで、また音源もCバスボードで補うことになるかもしれません。

(3)http://www.geocities.co.jp/SiliconValley-Bay/2776/index.htmやhttp://web.archive.org/web/20010807211737/http://www.ksky.ne.jp/~musa/soft/win98/epson_4m.htmその他の情報を参照すれば、NEC版のWindows98をインストールして動作させることは可能です。

(4)しかしMUでは、メモリ増設、CPU強化（換装）、HDDの交換・増設（内蔵・外付けとも）、Windows98のインストール作業の全てにおいて細かな注意事項がいくつも存在します。またこの辺の機種では同じ型番のPCでも個体差がありますので、「増設機器として○○が使えた」という報告があっても、同じ機器が手持ちのPCで使えるとは限りません。同一のPCでもWindows95では認識した機器がWindows98では認識しなかったなどのケースも経験しています。

(5)今から苦労してインストールしても、使い心地は予想よりはるかに悪いはずなので、作業自体おすすめしません。またMUでは最大限パワーアップしてもDVDがまともに再生できるほどのパワーはありません。

質問がおそくなってすいません。
ＯＳは(2)の アップグレード版のパッケージ版 (AT互換機用とPC-9800シリーズ用の両方が含まれている)です。

PC-9801-96（ウインドウアクセラレータボードB3）があれば何とかなるかも。
586RTですがうちはこれで98SE入りました。