HDDの場合,再フォーマットすれば相性問題はまず解決すると認識しております(55ボード等の一部の例外は除きます)。
そのIP-1000Mの履歴が知りたいところです。壊れている可能性はないでしょうか。
あるいは,フォーマット途中でIP-1000Mの電源を切った/386Sをリセットした,といったことはなかったでしょうか。
また,別なSCSI I/FではIP-1000Mは認識/フォーマットされますでしょうか。
一応LHA-301Aの設定法を:
http://ematei.hp.infoseek.co.jp/kenkyu/lha301.txt