CDドライブが無いと苦しいですねぇ・・
特にもう一台がPC-98シリーズですと更に厳しいです。f^^;
そして、DOSが操作できないというのも・・。
新規インストールでは基本的にDOS周りの知識は必須ですよ？

とりあえず、Win9xと同じようにHDDセットアップすればいいのではないでしょうか？
キャンビ君には強力してもらえないですから、お近くの誰かのAT互換機を借りてそれに10GBのHDDを2.5<->3.5インチ変換アダプタを噛まして接続して領域確保＆FAT16あたりでフォーマットしてWin2000のCDのI386フォルダの内容とWin9xのCDのWin9xフォルダの内容をcopyして、I386フォルダ内のWinnt32.exeを起動すればセットアップができるでしょう。

これが難しいorどうしてもDOSを覚えられないというのであれば、
素直にCD-ROMドライブを購入したほうが無難だと思います。
同じ状況にある場合、私だったらCD-ROMドライブを購入します。

かげまるさん、ありがとうございました。ＤＯＳはやったことはあるのですが、知識としては無いに等しいので..。現在はＣＤドライブもオークション等で安価に手に入りますよね〜。ちなみにＣＤドライブ購入の際の注意点として、ＵＳＢ接続のものでも大丈夫なんですかね？ＨＤＤをフォーマットした後インストールの段階でＣＤドライブを認識してくれるんでしょうか？すいません、その辺、いわゆる初心者なもので..

インストールに使うCDドライブの場合、できるだけメーカー純正のものがいいですよ。
要らぬ苦労がなくなりますから。(^^;

また、USBタイプのものはBIOSレベルでは認識は難しいでしょう。
BIOSで認識＆CDブートに対応してるのもあるようですけど、やはりメーカー純正だったように思います(これはソニーのバイオノートの話だったかな？)

それはサードパーティーから出ているPCカード経由で接続するCDドライブもしかり・・です。

かげまるさん、本当にありがとうございます。
実は覚悟をきめました！
2.5<->3.5インチ変換アダプタを買っちゃいました！某オークションにて。
ちょっと不安ですが、まずは一番安上がりな方法でじっくりいく事にします。

ハラを決められましたか。(^^;
ならばお付き合いしましょう。

ちなみに、2.5<->3.5インチ変換アダプタってATパーツ屋で500〜1000円で売ってますけど
ヤフオクとかで買ったのですか？

まずは、2.5HDDをデスクトップ(なるべく新しいやつ)に2.5<->3.5インチ変換アダプタで接続します。
なるべく、プライマリのマスターへ。接続方法はコネクタの向きに注意ですが、アダプタの説明書に
書いていると思います。元からついている3.5HDDは外しておいたほうがいいでしょう。
誤フォーマット等の不測の事故を防ぐためです。

で、Win98の起動FDを使用してFD起動します。Win98の起動FDを使うのはお手軽にCD-ROMを認識させる
(万能ATAPIドライバが入る)ためです。で、FDISKを実行して「大容量ドライブのサポート」にy。
基本と拡張領域をそれぞれお好みの容量で確保します。拡張(C:)は2GBはとっておいたほうが
いいでしょう。再起動してまたFDISKして各領域をフォーマットします。この段階ではNTFSは選択できずに
FAT32形式となりますが、後でNTFSにする手も残っているのでまぁいいでしょう。

また再起動して、起動し終わったらWin2000CD-ROMをドライブにセットします。
(誤って起動時にWin2000のCDにCDブートはさせないように！)
そして、以下のコマンドを順に実行してください。
HDDにd:があるとして、e:をCD-ROMドライブと仮定しています。

mkdir d:win2000cd
copy e:I386*.* d:win2000cd
sys c:

念のため、FD無しでHDD再起動してコマンドプロンプトが出るか確認。

で、2.5HDDをデスクトップから外し、ノートに装着します。
ノートでHDD起動して(BIOSレベルで大容量HDDを認識してるかも確認)、
d:win2000cdWinnt32.exe
をすると、win2000のセットアップが開始する筈です。
これでCD-ROM無しでもできるようになります。

かなりザックリと書いたので注意して行ってみてください。

Win2000がアップグレードバージョンであれば、Win98のCDのWin98の内容もd:に置いておく必要があるでしょう。
(例:d:win98cd)